ALAS AFUERAS DE LA POBLACIÓN se encuentra la primitiva iglesia de Santa María de la Varga, convertida actualmente en cementerio. De clara transición del románico al gótico, es una de las tres iglesias que dispuso el lugar en época medieval, junto con las de San Juan y Santiago, de las que no se ha conservado rastro alguno. La construcción en este emplazamiento se debe a la inclusión del edificio dentro del cinturón amurallado que protegía a la ciudad. El castillo que defendía el cinturón amurallado se levantó sobre un espolón del río, más abajo de la iglesia, y junto a la fortaleza se asentó en su alrededor la villa antigua, cercada por una fuerte muralla de la que apenas quedan algunos restos. El templo fue mandado construir a inicios del siglo XIII por don Rodrigo Jiménez de Rada, durante su episcopado (1209-1247), tras la repoblación de las tierras de Uceda. Fue éste un personaje importante en la repoblación castellana, consolidando pequeños núcleos de población en tierras despobladas y sufragando los gastos de construcción de templos cristianos, tanto iglesias como monasterios, ensalzando la protección y difusión de la arquitectura cisterciense. Construido en piedra caliza, sólo se conservan los restos de su estructura externa, los lienzos meridional y occidental y la cabecera tripartita. Las proporciones casi simétricas de la planta y la cabecera hacen pensar que la iglesia tuvo tres naves, siendo más alta la central. La orientación del templo varía respecto a lo habitual, desviándose la cabecera algo más hacia el Norte, encontrando por tanto el cuerpo absidal hacia el Noreste. La cabecera presenta tres ábsides semicirculares precedidos de tramo recto, siendo el central más alto y ancho que los laterales. Éstos se dividen en dos paños por medio de una columna adosada rematada en un capitel vegetal. En el absidiolo septentrional se abre una sencilla aspillera, mientras que en el sur se dispone una ventana formada por un arco de medio punto soportado por dos columnas. El ábside central presenta una estructura similar, aunque más desarrollada. A diferencia de los laterales, se articula en tres paños por medio de dos columnas adosadas que llegan hasta la cornisa. En cada paño se abre un ventanal formado por arcos de medio punto doblados que descansan sombre parejas de columnas, salvo el central que es de rosca sencilla. Por último, se remata todo el conjunto de la cabecera con una cornisa soportada por una línea de canecillos, entre los que encontramos algunos de reciente factura. Pese al mal estado de conservación de los originales, podemos distinguir alguna figura antropomorfa e incluso algún rostro humano. El acceso al interior se realiza a través de dos portadas abiertas en los lienzos meridional y occidental. La del lado sur se destaca mediante un cuerpo saliente en el que se produce un abocinamiento. Es una portada con arco ligeramente apuntado fruto de las novedades artísticas que, poco a poco se, iban introduciendo en estas tierras. Consta de ocho arquivoltas lisas y de bocel que descansan sobre columnas rematadas en capiteles de carácter foliáceo muy simples, a base de hojas de acanto y roleos. Tras la restauración llevada a cabo en 2003 parte de las columnas del lado izquierdo fueron repuestas debido a su pésimo estado de conservación. A los pies de la iglesia se encuentra la otra portada de ingreso, de menor abocinamiento y más estrecha que la anterior. Consta de tres arquivoltas apuntadas que apoyan directamente sobre las jambas a través de línea de imposta moldurada. Las dos portadas revelan influencias cistercienses, de ahí, también, el tratamiento austero del conjunto. El espacio que ocupaban las tres naves aloja actualmente las sepulturas del cementerio. El acceso a los tres ábsides se realiza a través de arcos apuntados de doble rosca. Los de las capillas laterales apoyan sobre pilastras de estilo renacentista y columnas hoy desaparecidas. Dichas capillas se cubren con bóvedas de cañón apuntado en el tramo recto y de cuarto de esfera en los hemiciclos. La nave central daba paso al ábside también por medio de un arco triunfal doblado y apuntado que descansa sobre dos columnas rematadas por capiteles vegetales. A su vez, el arco interior del ábside central también se apoya sobre columnas del mismo estilo, cuyos capiteles son vegetales excepto en el de la izquierda en el que se aprecian figuras antropomorfas junto a un rostro humano. Como ocurre en Bonaval, el ábside central se comunica con los laterales por medio de dos arcos de medio punto abiertos en los muros del presbiterio. Se advierten otros restos en el interior en el conjunto del templo, tales como las pilastras semiderruidas y columnas adosadas casi desaparecidas en la panda meridional junto a la portada, de donde arrancaban las arcadas de la nave. Es en su conjunto uno de los ejemplos del románico tardío de mayor monumentalidad, pues no era frecuente la construcción de este tipo de iglesias con tres naves y cabecera tripartita. De gran sobriedad en su fábrica, con sillares bien definidos en todos sus lienzos, estamos ante los restos de uno de los templos más importantes en la provincia de Guadalajara, especialmente por la influencia que se detecta del modelo cisterciense.