ENTRE LA PRIMERA Y SEGUNDA FASE de las que se sirve la autora Cervera Vera para ordenar la disposición urbanística de Pelegrina, citada en líneas anteriores, se encuentra la iglesia parroquial. Situada por tanto a lo largo del camino y en torno a ella se disponen los tres conjuntos de edificaciones formando un urbanismo notable. El edificio presenta una planta basilical con una nave rectangular y una cabecera compuesta por un ábside semicircular precedido de un presbiterio recto. Completan la estructura una profunda hornacina abierta a la cabecera, espadaña a los pies, pórtico y dos estancias situadas a continuación del pórtico, una utilizada como sacristía y la otra como trastero. Al exterior, contemplamos un edificio construido fundamentalmente con piedra de mampostería, excepto en los ángulos y las zonas constructivamente importantes, que utilizan sillería para dotarlo de solidez. El ábside semicircular, muy sencillo y reformado, nace sobre un basamento, a modo de podio, utilizado para salvar el desnivel del terreno. Está encalado, como gran parte del presbiterio y la nave, y no ofrece concesiones a los motivos decorativos, únicamente visibles en una moderna cornisa de doble teja vuelta bajo la que se disponen algunos canecillos, uno de modillones y los demás de proa de barco, los cuales soportaban el desaparecido alero románico, del que sólo conservamos un pequeño fragmento en el extremo meridional del hemiciclo. Un codillo comunica el ábside con el presbiterio, liso en el costado septentrional, mientras que en el meridional está flanqueado por dos contrafuertes prismáticos entre los que se dispone el muro que cierra la hornacina interior. Tanto los contrafuertes como el muro están realizados con sillería. Un vano rectangular se abre sobre el muro de la hornacina. El presbiterio se remata con una deteriorada cornisa de mediacaña que apoya en varios canecillos de proa de barco. Un nuevo codillo comunica el presbiterio con la nave. Ésta, aunque mantiene la original estructura románica, ofrece evidencias de varias reformas posteriores. La portada, abierta en el costado meridional, está organizada mediante un arco de medio punto de entrada al que rodean dos arquivoltas, decoradas con un bocel entre mediacañas, y una chambrana con moldura de mediacaña. La estructura descansa en dos pares de columnas acodilladas cuyos fustes están reformados en su parte inferior e introducen un moderno panel con una cruz en los fustes de la derecha. Los capiteles muestran unas sencillas cestas vegetales, con un primer nivel de hojas lanceoladas con nervio central, tras las que se disponen otras hojas vueltas y rematadas en volutas. Los cimacios son lisos, con moldura de mediacaña, y se continúan como impostas en los laterales. El arco de entrada cobija un tímpano renacentista decorado con una venera que sirve de cama al escudo de armas de don Fabrique de Portugal, obispo de la Diócesis de Sigüenza entre los años 1512-1532 y gran benefactor de la iglesia de la Pelegrina, debido a las temporadas que permaneció en el castillo de la localidad. El tímpano apoya sobre un gran dintel que, a su vez, descansa en una pareja de columnas que nacen de un pequeño podio; presentan basa ática, un fuste liso y un estilizado capitel dórico sobre el que se desarrolla un cimacio con un saliente en la esquina. Tanto las columnas como el tímpano fueron insertados en la portada en el siglo XVI. Ésta es protegida por un pórtico también fechado en el siglo XVI. Se compone de un podio, con tres accesos, del que surgen dos columnas y dos pilastras, todas con decoración jónica, que soportan la techumbre, cubierta con una armadura de madera. La nave es rematada por una cornisa, solo visible en el lienzo meridional, con moldura de mediacaña que apoya en varios canecillos de proa de barco. A los pies del edificio se alza la espadaña, que utiliza piedra de mampostería y sillar para reforzar los ángulos. Se compone de tres cuerpos divididos por dos impostas. La primera es achaflanada y comunica el cuerpo inferior, que sirve de base, con el intermedio, en cuyo centro se abre una moderna ventana. La segunda imposta, decorada con una moldura de gola, precede a un cuerpo de campanas rematado a piñón y en cuyo interior se abren dos troneras. En este caso, debido a la moldura que precede el cuerpo de campanas, sabemos que fue reconstruida en época posmedieval, aunque no podemos descartar la existencia de un modelo anterior. Muchas dudas ofrece la espadaña, que repite la habitual estructura acuñada en época románica; sin embargo la moldura sobre la que se desarrolla el cuerpo de campanas indica que al menos éste ha sido remontado en los siglos XVI o XVII; de tal manera que las dudas se centran en saber si toda la espadaña fue remontada en este momento o únicamente el cuerpo de campanas, perteneciendo la basa al período antiguo. Nosotros nos decantamos por la primera opción, ya que consideramos que la nave está profundamente reformada y que durante una de sus modificaciones se levantó la espadaña, sin descartar la existencia de un ejemplar previo. Interiormente, el edificio está prácticamente revocado. La nave se cubre con una armadura de par y nudillo. En su parte occidental, un arco apuntado permite el acceso a un sencillo coro al que se llega a través de unas modernas escaleras. Permite el acceso a la cabecera un arco del triunfo rebajado que apoya en pilastras. Se decora con mediacañas y pequeños boceles que en la zona de las pilastras imitan columnas, al ser sugeridos los capiteles y las basas. El arco triunfal data del siglo XVI, momento en el que seguramente se sustituyeron las antiguas cubiertas de la cabecera por el excelente artesonado mudéjar policromado. Presenta una estructura a cuatro aguas y entre sus artesas aparecen diferentes motivos decorativos, algunos de los cuales, como las aspas, pudieran estar en relación con los emblemas heráldicos de don Fabrique de Portugal. En el siglo XVI se llevó a cabo una importante reforma que afectó a la cabecera, al ser sustituido el antiguo arco de triunfo por el actual. También afectó a la techumbre, pues la antigua cubrición, presumiblemente compuesta por una bóveda de cuarto de esfera en el ábside y medio cañón en el presbiterio, fue sustituida por un artesonado mudéjar policromado. Un vano rectangular, situado en el lienzo meridional del presbiterio, ilumina la cabecera. En el costado meridional del presbiterio se abre una gran hornacina delimitada por un arco rebajado, en cuyo interior se alberga un pequeño vano. Puede corresponder al siglo XVI, aunque no sería extraño que fuese posterior; desconocemos su función original, actualmente ocupa su interior una gran cajonera barroca. Como conclusión podemos decir que éste es un primitivo edificio románico datado en torno a la primera mitad del siglo XIII, que fue profundamente reformado en diferentes etapas posteriores. Presenta una tipología típica del románico rural de Guadalajara del siglo XIII, con una sencilla nave rectangular y cabecera compuesta por ábside semicircular, precedido de presbiterio recto, con muy pocas concesiones a la decoración, como también se observa en la iglesia de Pozancos, que repite estructura, y que sería la habitual en otras iglesias que fueron transformadas posteriormente. A la iglesia de Pozancos se asemeja también la disposición de la portada meridional. En cuanto a las relaciones estilísticas de su escasa decoración escultórica, encontramos algunos capiteles similares a los de su portada en el pórtico de Jodra del Pinar. Esta decoración escultórica parece derivar del tercer taller que trabajó a principios del siglo XIII en la catedral de Sigüenza, al que corresponde las puertas de la fachada occidental, y que también trabajó en las iglesias de Santiago y San Vicente de Sigüenza. Seguramente los canteros de la iglesia de Pelegrina conocieron estas obras, las cuales los influyeron a la hora de realizar su trabajo en este lugar, aunque siempre con una calidad mucho menor. A los pies del templo, bajo el coro de madera, está situada una pila bautismal románica. Su copa es semiesférica, de 98 cm de diámetro por 51 cm de altura, sobre basamento de 44 cm de alto. El pie está formado por una deteriorada base troncopiramidal invertida, decorada, en su parte inferior, con un bocel. Sobre la anterior se eleva la copa que muestra una serie de gallones oblicuos al exterior, mientras que en el interior es lisa. Los gallones se muestran retorcidos sobre su eje, lo que nos recuerda a otros testimonios de la provincia, como las pilas de Salmerón, Bochones, Bustares o Villaescusa de Palositos. Asimismo, la basa troncopiramidal recuerda a las pilas de la Villa de Atienza (la de San Bartolomé o San Gil) al igual que las ya mencionadas de Villaescusa de Palositos y Salmerón, aunque esta última es de mayor tosquedad y tamaño.