Entre las diez parroquias existentes en Daroca en el año 1230, la de San Juan estaba en séptimo lugar, con 70 vecinos incluidos en sus límites. Fue parroquia hasta 1905, fecha en la que quedó abandonada, iniciándose así una etapa en la que su estado era ruinoso, aunque posteriormente fue restaurada. Su nombre hace referencia al lugar en que se levantó esta iglesia, en lo alto de una de las laderas de la ciudad, casi en el límite del caserío. En el año 2001 el Gobierno de Aragón declaró como Bien de Interés Cultural el ábside de esta iglesia por su valor histórico-artístico. De la planta primitiva sólo subsiste dicho ábside románico, al que se le añadió en el siglo XVII la actual nave. Desde el derrumbe de su cubierta a comienzos del siglo XX, la iglesia había permanecido en ruinas. En la última restauración, a comienzo de los años ochenta del siglo XX, se levantó de nuevo el muro hastial, con una configuración basada en elementos modernos, y se construyó una cubierta en madera. San Juan de la Cuesta es una iglesia de proporciones modestas, de 24 m de longitud, que en su origen tuvo una sola nave con un ábside semicircular que todavía conserva. La anchura de esta nave sería similar o ligeramente superior a la del anteábside o presbiterio, que es de 6,60 m. En origen se trataba de una iglesia de una sola nave rectangular y ábside semicilíndrico, que en sucesivas reformas fue ampliada con capillas laterales. El acceso se sitúa en el lado sur, en el último tramo de la nave. Cuenta con dos ventanas de similar configuración, una de ellas abierta en el centro del ábside semicircular y otra en el muro sur del presbiterio. Se comenzó a construir en la segunda mitad del siglo XII, en piedra sillar con buena técnica de cantería y con esquemas típicamente románicos. En este momento sólo se levantó la mitad inferior de la cabecera, deteniéndose su fábrica. Con posterioridad alarifes mudéjares continuaron la construcción utilizando el ladrillo en lugar de la piedra sillar, debido posiblemente a los problemas económicos y de mano de obra causados por las luchas y conflictos propios de un lugar fronterizo. Este cambio de material no afectó al esquema constructivo original ya que siguieron las directrices del sistema románico del plan inicial. La nave se cubre actualmente con tejado de madera a dos vertientes, fruto de la última restauración, pero es fácil apreciar en el interior el arranque de los arcos fajones y los nervios de la bóveda que se hundió a principios del siglo XX. El ábside lo hace con una bóveda de cuarto de esfera apuntada, y el presbiterio con bóveda de cañón apuntada, ambas en ladrillo. En el exterior de la cabecera se aprecia perfectamente el cambio de materiales en la construcción ya que, levantado en piedra sillar el zócalo y la mitad del semicilindro, que se compone exteriormente a base de siete segmentos verticales separados por medio de seis fustes cilíndricos de columnas adosadas, se continuó en ladrillo por las razones ya explicadas, sin más alteración que la conversión de los fustes en pilastras, rematando el ábside hasta el tejado con aparejo mudéjar de buena calidad. En la parte superior volvemos a encontrar una excelente muestra del arte románico darocense, con la típica cornisa absidal de arquillos y modillones que ya hemos visto en la Colegial de Santa María y en San Miguel, con la peculiaridad de que en San Juan de la Cuesta se realizó en ladrillo. Se trata de una fila de arquillos con una mínima abertura ornamental en su centro que, en razón de tres por segmento (salvo por el último del lado norte en el que sólo hay dos), recorren la parte alta del cilindro absidal apoyando los de los extremos en los capiteles de ladrillo de las pilastras y los interiores sobre los modillones comentados. Por encima de ellos se dispone otra hilera de modillones, igualmente de ladrillo, que sustentan la cornisa. En el segmento central y en el muro sur del presbiterio abren dos ventanas similares con un trazado de arco apuntado, casi aspillerado en el caso de la del ábside, guarnecido por otro lobulado de siete arcos, que siguen modelos de la arquitectura musulmana, muy próximos a los del palacio de la Aljafería de Zaragoza. Al interior un conjunto de cinco arcos ciegos apuntados recorre el hemiciclo del ábside. Estos arcos se rellenaron de mortero para la realización de una pintura mural, de la que sólo nos queda la parte superior aplicada sobre el cascarón absidal, ya que la inferior se picó para sacarlos a la luz durante la última restauración. En los muros norte y sur, correspondientes al presbiterio, también existen dos arcos por lado, aunque en este caso son de medio punto. Todos ellos, tanto los del ábside como los del presbiterio, apoyan sobre columnas con capiteles decorados a base de motivos vegetales. Estos capiteles presentan, en mayor o menor grado de conservación, elementos decorativos basados en hojas lisas vueltas en piñas o bolas en las esquinas, y motivos fitomórficos estriados en sus laterales. Otro elemento del interior del edificio que merece atención es el arco apuntado polilobulado, situado en la embocadura del ábside, a modo de arco triunfal, que todavía guarda en el interior de sus jambas de ladrillo las basas de las columnas del primer plan constructivo. Los restos de pintura mural gótica conservados en el ábside se dividen en dos secciones. En la estrecha banda superior aparece representada la Última Cena, con Jesucristo y sus discípulos sentados tras una mesa. En el registro inferior vemos a San Juan Bautista, bajo una arquería gótica lobulada, que lleva el cordero místico en su mano izquierda y junto a él dos escenas de su vida: San Juan en presencia de Herodes, a su derecha, y encerrado en la prisión, a su izquierda. La fábrica de la iglesia de San Juan de la Cuesta comenzaría a construirse en la segunda mitad del siglo XII, momento en el que tan sólo se levantó la mitad inferior del ábside, acorde con las características del estilo románico de la época y usando sillares de piedra caliza, como era costumbre en la edilicia religiosa. Tras interrumpirse la obra del templo, se reanudaría en fecha indeterminada, si bien se ha propuesto que fuera ya en el siglo XIII, siendo maestros alarifes mudéjares los que continuarían su edificación. Éstos siguieron el esquema románico anterior, pero haciendo uso del ladrillo en sustitución de la piedra sillar, incorporando de esta manera el material propio de la arquitectura hispanomusulmana y creando lo que puede considerarse como una de las primeras obras de la arquitectura mudéjar de Aragón.