LA ERMITA DE SAN MILLÁN (así llamada en el documento fundacional del convento de Santa Clara), hoy conocida como de Santa Lucía, se emplaza al sur del caserío de Medina, al final del paseo del Salcinal e inmediata al monasterio de Santa Clara, al hospital de la Vera Cruz y a la antes citada iglesia de Nuestra Señora del Rosario. De ella decía Gaya Nuño en 1961 que “en 1914 fue deshecha su portada, y posteriormente todo ha sido trastornado y envilecido al ser convertido el edificio en humildes viviendas”. Afortunadamente, lo que pudo salvarse ha sido restaurado en fecha reciente. El edificio ha llegado a nosotros con notables transformaciones. Se trata de una iglesia levantada en mampostería con refuerzo de sillares en las esquinas, de breve nave única de la que sólo se conserva el sector oriental, habiendo desaparecido el resto, ocupando su espacio una moderna vivienda. Al norte de esta nave románica se añadió en época gótica una capilla rectangular abierta al cuerpo del templo mediante un formero de medio punto, moldurado con boceles aplastados y que recae en machones de triple haz de columnas, coronados por capitelillos corridos ornados con hojarasca gótica. Existen dos accesos al interior, uno a través de arco de medio punto en la fachada meridional y otro, bajo arco apuntado, en el muro norte de la capilla; ambos están muy reformados. Así las cosas, es la cabecera el elemento más destacable del conjunto y el que mejor ha conservado su primitivo carácter, ya que el tramo oriental de la nave sólo parece haber mantenido la traza de sus muros, coronados por una restaurada cornisa achaflanada sobre sencillos canes con perfil de nacela y proa de barco, algunos fruto de la reciente intervención. Se compone la cabecera del templo de tramo recto presbiterial, articulado mediante un codillo con la nave y tras el que, mediante otro codillo, se dispone el ábside semicircular. Los muros del hemiciclo se coronan con una cornisa de cavetos escalonados sostenida por canes de nacela, nacelas escalonadas y tableros, todos extremadamente simples. Dos contrafuertes prismáticos y escalonados a 2/3 de altura refuerzan el muro del ábside, delimitando así tres paños. En el central se abre una ventana en torno a una estrecha saetera abocinada al interior, que exteriormente se rodea de arco de medio punto -ligeramente peraltado- moldurado con un junquillo en la arista exornado por una banda de dientes de sierra y protegido por tornapolvos de celdillas excavadas. Apea el arco en una pareja de columnas acodilladas de robustos fustes monolíticos, sobre basas de perfil ático con plintos y coronadas por sendos capiteles vegetales. El izquierdo del espectador se decora con bolas con caperuza, un botón vegetal y las dos hojas rematadas en volutas en la parte alta de la cesta que caracterizan a buen número de edificios de los valles septentrionales de Burgos. El capitel del lado derecho, cuyo collarino recibe decoración de engranaje, muestra unas hojas picudas recorridas por secos nervios con un cogollo en la punta y otras dos laterales con el mismo reticulado que vimos en la chambrana. Sobre los capiteles corren sendas impostas de listel y nacelas escalonadas. Al interior, repite esta ventana la estructura, con arco doblado -el interior facetado- sobre impostas de listel y nacela; el capitel del lado norte se decora con hojas lisas de las que pende un pesado cogollo, mientras que su pendant recibe un tosco mascarón humano sacando la lengua flanqueado por dos dragoncillos que parecen morderle las orejas. Un motivo similar lo veremos en la iglesia de San Pantaleón de Losa, que junto a los templos del Valle de Mena (Siones) y sus referentes cántabros (Bareyo), parecen proporcionar el menguado repertorio plástico del edificio. Cúbrese el hemiciclo con bóveda de horno sobre imposta de listel y chaflán que se continúa por el presbiterio, que recibe una bóveda de cañón. Da paso a la cabecera desde la nave un arco triunfal doblado, el interior levemente peraltado, que recae en machones con columnas entregas en los frentes. Se alzan éstas sobre basamentos prismáticos moldurados con bocel y plintos, presentando basas de fino toro superior, escocia recta y grueso toro inferior con lengüetas. El capitel del lado del evangelio se orn a con hojas lisas de remate avolutado de cuya punta pende una bola hacia el altar, mientras que hacia la nave ocupa el ángulo un tosco mascarón humano de someros rasgos, mostrando los dientes. La base de las hojas aparece ocupada por curiosas formas de cerradura incisas. El capitel del lado de la epístola se orna con un pez en el frente y carnosas hojas lanceoladas de puntas vueltas resueltas en volutas acogiendo cogollos, no viendo nosotros aquí las pretendidas veneras que como símbolo jacobeo se suelen referir. La extrema simplicidad de este templo y la recurrencia a los modelos más característicos del románico de los Valles de Mena y Losa nos llevan a considerarlo como fruto de talleres locales influenciados por su actividad, probablemente ya en los años finales del siglo XII o primeros del XIII.