LAS REFORMAS Y AMPLIACIONES que afectaron al templo románico alteraron la estructura de su nave, elevando sus muros, levantando una torre rectangular que incorpora la antigua espadaña y sustituyendo la primitiva cabecera por la actual cuadrada, añadiendo además dos capillas laterales. Esta intervención aparece conmemorada y datada a mediados del siglo XIX por una inscripción latina dispuesta bajo la cornisa de la capilla meridional, cuyo texto es el siguiente: ESTO PROPITIUS ET BENEFAC DOMI NE OMNIBUS ILLIS ET EORUM POS TERIS QUI PIETATE DUCTI ERGA TE AD HANC AEDEM AMPLIFICAN DAM MUNERA OBTULERUNT ANNO DNI MDCCCL Resta pese a todo el cuerpo de la nave única, levantado en la ferruginosa sillería de buena calidad propia de numerosos templos serranos. La portada es el elemento más destacado del conjunto. Se abre en un antecuerpo del muro meridional cuyas aristas y remate se perfilan con baquetón, en torno a un arco de medio punto baquetonado, rodeado por dos arquivoltas de idéntico perfil y una tercera cuya nacela aparece recorrida de un esmerado friso de palmetas, rodeándose por tornapolvos nacelado. Bajo la imposta corrida ornada con palmetas del tipo de las anteriores se disponen las jambas escalonadas, de aristas igualmente baquetonadas, en las que se acodillan dos parejas de columnas, alzadas sobre altos basamentos y basas de perfil ático sobre plintos recorridos por mediascañas y listeles. En sus notables capiteles dejaron su oficio escultores de evidente inspiración silense, que recurren a las típicas composiciones simétricas de animales opuestos pero volviendo sus cuellos hacia el contrario en torno a un tallo vegetal con carnosos brotes que actúa como eje de simetría. Vemos así, en la cesta exterior del lado izquierdo del espectador, a sendas arpías masculinas de colas rematadas en fantasía vegetal cuyos cuellos aparecen enlazados por brotes acogollados; en la interior son dos aves las que picotean un apalmetado brote que nace del arbusto central. En los capiteles del lado derecho u oriental son sendas parejas de leones y grifos las que se oponen. Aunque tales composiciones y los cuidados despieces de los plumajes y tratamiento de las texturas no son ni mucho menos exclusivos del arte de la segunda campaña del claustro de Santo Domingo de Silos, sino más bien representan una constante en el tardorrománico y no sólo hispano, es evidente que los escultores que trabajan en Hoyuelos pertenecen al nutrido grupo de escultores diseminados por todo el sur de Burgos y Duero soriano que, con las notorias limitaciones de estilo respecto al excepcional taller silense, difunden los cartones expresados en el claustro, renovando de paso la ya manida y repetitiva plástica que caracteriza el repertorio de los talleres serranos de mediados del siglo XII. Que este segundo maestro y taller silense revolucionan la decoración arquitectónica nos lo demuestra la serie de edificios que en los años finales de la duodécima centuria aprovechan una cierta bonanza económica para renovar total, o con más frecuencia, parcialmente, sus portadas y capiteles, caso de Vizcaínos y, sobre todo, Jaramillo de la Fuente. Cabe preguntarse si fue éste el caso de Hoyuelos, y realmente así lo parece, aunque en lo que resta de su fábrica románica -bien es cierto que las reformas posteriores no ayudan a ello- no se observen evidencias de dos campañas constructivas románicas diferenciadas. La primitiva nave fue reforzada con estribos que contrarrestan los perpiaños que delimitan los dos tramos, y elevada para albergar las bóvedas de terceletes que los cierran, dejando sin función los canecillos que soportaban el primitivo alero, tanto en el muro meridional como en el norte, todos de simple decoración, con tres rollos o perfil de proa de barco. Sobre el hastial occidental se alzaba una espadaña -casi una rareza ante el predominio de torres en la zona, modificada aunque incluida en la nueva estructura de la torre-, en él se conservan las dos columnas acodilladas de una ventana, cuyo arco fue eliminado. Ambas se coronan con capiteles de hojas nervadas y palmetas de espinoso tratamiento y rematadas por caulículos. Una imposta decorada con taqueado debía recorrer a media altura el exterior de los muros primitivos, quedando únicamente un retazo de ella junto al ángulo occidental de la moderna capilla norte, donde se observa también que el edificio románico se alzaba sobre un basamento de fábrica abocelado. De la primitiva cabecera se reaprovecharon algunos elementos, como el arco de medio punto abocelado labrado en una pieza y rodeado por una cenefa a modo de rosca ornada con un seco zarcillo, que trae al recuerdo la idéntica solución vista en Vizcaínos de la Sierra y Jaramillo de la Fuente, hoy recolocado en la ventana de la capilla meridional. Sobre ella y el reloj de sol dispuesto sobre la cornisa se reubicó un dovela decorada con hojitas ensiformes partidas. El interior se encuentra totalmente reformado, cubriéndose con crucerías tanto los dos tramos de nave como la cabecera rectangular y las dos capillas laterales, mientras que el crucero recibió una cúpula. Los primitivos capiteles románicos fueron reaprovechados como ménsulas para recoger los nervios de las capillas y cabecera, denunciando pese al encalado su rusticidad. La mayoría recibe hojas cóncavas de cuyas puntas penden pesadas pomas, otro muestra toscas espirales y una ruda serpiente de cabeza humana, y uno más divide su cesta en dos niveles, el inferior de hojitas nervadas muy pegadas a la base del capitel que adquieren a media altura notable volumen, disponiéndose sobre ellas tres cabecitas humanas. Otro más se decora con rudas cabecitas. Su estilo es claramente más tosco que el de la portada. En el interior, al fondo de la nave y protegido por una reja de madera, se conserva un notable ejemplar de pila bautismal románica que sigue el modelo más extendido en la Sierra: copa semiesférica ornada con un bocel en la embocadura, banda de zarcillos aquí muy simplificados y carnosos y piso inferior gallonado. Se alza sobre tenante compuesto de brevísimo pilar cilíndrico, basa que ya ha eliminado la escocia y se forma de dos toros, el inferior aplastado, decorado con semibezantes y garras con bolas y altísimo plinto cúbico con banda de rombos en los que se inscriben tetrapétalas de botón central. Mide 98 cm de diámetro x 102 cm de altura total.