LA ERMITA DE SAN MILLÁN es uno de los lugares de culto en torno al que se formó la villa de Puentedura, la zona meridional ubicada en la margen izquierda del río. Parece verosímil que ésta fuera uno de los monasterios existentes en la zona, entendidos como centros de culto o iglesias de propio. De la ermita de San Millán y de la parroquia no tenemos noticia alguna, a no ser la que nos proporciona la propia arqueología. El actual templo, levantado sobre otro precedente, es posiblemente una remodelación del anterior al que se añaden algunos canecillos, el alero y con posterioridad se cubre el interior con pinturas murales que ya parecen obra de finales del gótico o principios del renacimiento. Es una construcción de una sola nave que presenta muros de mampostería y sillarejo y cubierta de armazón de madera. El tejado descarga sobre una cornisa biselada y un conjunto de canecillos en el muro sur, la mayoría de ellos en forma de quilla, nacelas superpuestas, un tonel y cabezas zoomorfas. En conjunto es un relieve medio, de labra a bisel, con escasas calidades plásticas, mal acomodado al espacio escultórico, demostrando poco dominio de la composición y de la técnica. Se le puede definir como un taller local sin que encontremos relación con ninguno de los que vamos viendo en la zona. En este mismo muro septentrional se abre la portada, un sencillo arco de medio punto, y una ventana aspillera abocinada.