ESTE VETUSTO EDIFICIO, testigo mudo y ampliamente expresivo de la historia de Barbadillo del Mercado (el "Barbadillo antiguo" de los textos medievales), se ubica en un paraje bucólico a la vera del río Arlanza y a pie del imponente sinclinal del monte Gayugar. Contempla los restos de la vieja calzada romana (el viejo puente romano muy remozado) que desde Clunia atravesaba por aquí el Arlanza camino de la cercana civitas de Lara. La mente se perderá en la noche de los tiempos y nos trasladará al pasado lejano de época altoimperial con una secuencia histórica que llega hasta nuestros días. Si de Barbadillo del Mercado tenemos frecuentes noticias documentales desde la primera mitad del siglo X como cabecera tal vez del alfoz de Barbadillo y más adelante integrado en el de Lara, el templo de San Juan no se documenta y muy bien pudo ser un monasterio. Esta posibilidad pudiera venir avalada por la existencia de dos portadas de acceso: una al norte y otra al sur casi cegada. Los restos que podemos contemplar en la actualidad carecen de la espectacularidad y singularidad de otros templos, pero a buen seguro que estamos ante uno de los edificios más antiguos o que al menos enraízan con esa tradición. El edificio actual, fruto de sucesivas remodelaciones y acomodaciones, tiene planta de salón, muros de piedra sillería de aparejo muy variado y portadas abiertas en los muros norte y sur. La más significativa es la primera por las características que presenta el arco de herradura con algunos elementos del mismo y el paramento de clara filiación visigoda. Lo que se puede ver de la segunda no difiere sustancialmente de la precedente. Se remata la obra en ábside recto, de planta básicamente cuadrada, construido posteriormente según las formas románicas. La forma de configurar el arco, de clara raíz hispanovisigoda, lo mismo que la estereotomía del muro, contrastan con la línea de impostas más cercana a los usos del mundo mozárabe. Hay por tanto muchas dudas, muchos problemas abiertos y pocas seguridades, que las sucesivas intervenciones en este monumento sólo han contribuido a ampliar. Lo que sí parece cierto es que estamos ante una obra de finales del siglo IX o principios del X con importantes deudas hacia el pasado. Los únicos restos esculpidos los componen un total de veintiocho canecillos de tipo caveto, completamente lisos y repartidos por igual entre los muros norte y sur. Tienen moldura de casi mediacaña, en la actualidad no sustentan el tejado, puesto que en alguna restauración y recomposición del antiguo lugar de culto se ha elevado la altura de la cubierta y han quedado como meros testigos de la altura que tuvieron con anterioridad el muro y la propia cubierta. Esta ermita, con una parte de su fábrica de indudables formas tardoantiguas de época condal, ha sido alterada en época tardorrománica añadiendo el ábside actual, de planta cuadrada, que en el exterior muestra las mismas proporciones que la nave, sin que se conserve el alero primitivo, que ha sido sustituido por uno moderno de teja. En el interior dicha cabecera se cubre con bóveda de cañón que parte de impostas achaflanadas, contando con un arco triunfal irregularmente apuntado, simple y que apoya en pilastras coronadas por impostas igualmente de chaflán.