La iglesia parroquial de Lobera es un edificio exento situado en la parte alta del pueblo, levantado en piedra sillar y mampostería construido en un desornamentado barroco de finales del XVII. Posee una sola nave con cabecera poligonal orientada al Norte. El espacio interior, encalado, se distribuye en tres tramos con arcos fajones, a los que se suman el crucero y la capilla mayor. Existen unas capillas laterales a modo de arcosolio y un coro a los pies. Desde el exterior se accede al templo a través de una portada que da paso a un atrio. Sobre éste se alza una torre de planta cuadrada en los mismos materiales y estilo que el resto del edificio. Hasta aquí, nada que vincule el templo con su pasado medieval. Sin embargo, recientemente y debido a una remoción de tierras para acondicionar el entorno del templo, salieron a la luz los sillares inferiores del paño oriental de la capilla del lado de la epístola, junto al ábisde poligonal, que recordemos daba al Norte. En este lienzo de muro se descubrieron dos ventanas cegadas en lo que parece ser la parte baja de la sacristía o una zona sobre la que se pudo construir la actual iglesia, puesto que no son visibles desde el interior. Se trata de dos pequeñas ventanas en aspillera, con una decoración de pequeños bezantes o botones en sus arquitos de medio punto, con ejemplos cercanos de este tipo de decoración en la iglesia de San Adrián en Undués Pintano, de comienzos del siglo XII. El sillar con que se cubre uno de los arcos mide 27 cm de altura por 46 de largo, y el otro posee medidas similares. Este lienzo de la capilla lateral mide 7,5 m de lado, hay un gran contrafuerte en el lado oriental y se observa una gran disparidad de hiladas, que oscilan de los 15 a los 34 cm. No es descabellado suponer que pudo tratarse de la cabecera original de la iglesia, terminada en testero recto, de nave sencilla y orientada preceptivamente. En tal caso llamaría la atención la existencia de dos ventanas, en vez del habitual vano axial. Otra posibilidad es que estos sillares y las ventanas con ellos contruidas fueran colocados aquí y reaprovechados del primitivo templo románico, ya que hay elementos poco habituales en las cabeceras románicas, como la citada ausencia de una ventana ubicada en eje, su disposición a distinta altura o el corte del sillar superior de una de estas ventanas.