La iglesia de San Juan Bautista de Castiliscar, además de ser el edificio de mayor interés artístico de la localidad, sigue ejerciendo sus funciones de templo parroquial integrado en la diócesis de Jaca. Está ubicado junto al castillo, en el punto más elevado de la población. En el lado meridional de la fábrica original románica se añadió a comienzos del siglo XVII una sacristía. Gracias a una inscripción en la que se puede ver la fecha de 1603 conocemos el año exacto de esta obra. También presenta un coro alto en el tramo de los pies, fruto de un añadido posterior al edificio original. La iglesia ha sido restaurada en dos ocasiones a lo largo del siglo XX, una en 1959 y otra en 1983. Se trata de un templo de planta rectangular compuesto por una sola nave de 24,50 m de longitud y 7,20 m de anchura, rematada al Este por un ábside semicircular. La portada principal se encuentra en el lado norte, aunque existe otra de menores dimensiones a los pies, que es la utilizada actualmente para acceder al interior. En el cuarto tramo del lado sur abre una estrecha puerta que comunica con la torre. Las ventanas que iluminan el interior del edificio se encuentran ubicadas en la cabecera y en el muro hastial, tres y una respectivamente. El aparejo del que se sirvieron los maestros canteros fue la sillería, con piezas perfectamente escuadradas que todavía albergan en su superficie numerosas marcas en forma de línea diagonal, cuña, media flecha, L, N inversa, W y cruz griega. El sistema de cubrición usado para la nave es la bóveda de cañón apuntado sobre arcos fajones del mismo tipo, sustentados por pilastras adosadas al muro que dividen el espacio de la nave en cinco tramos, y para el cilindro absidal la bóveda de cuarto de esfera igualmente apuntada. Todos los vanos de iluminación son aspillerados sin adornos al exterior y con un derrame interno que acaba en arco de medio punto dovelado. El interior del edificio, tanto en la parte de la cabecera como en la nave, carece de cualquier tipo de ornamentación escultórica. La cabecera está recorrida en su alzado interno por dos molduras lisas, una por encima y otra por debajo de los ventanales. La superior continúa por todo el perímetro interior marcando la línea de imposta de la bóveda, mientras que la inferior tan sólo ocupa esta zona, además del primer tramo del lado sur, disponiéndose sobre la entrada adintelada de la sacristía. Este vano de acceso practicado a comienzos del siglo XVII obligó a convertir el pilar que sustenta el fajón en una ménsula. Las hiladas que conforman los muros llegan a tener en la parte más baja unos 40 cm de altura, para pasar más arriba a los 28-30 cm de las sucesivas. Todo el conjunto exterior está coronado por un alero que carga sobre canecillos lisos y da paso a una cubierta de piedra labrada. La severidad ornamental se rompe ligeramente en el lienzo norte, en el que abre la portada principal, enmarcada por dos de los seis contrafuertes que a intervalos desiguales articulan la fachada septentrional (curiosamente la meridional carece de ellos). Dicha portada tiene una anchura de 4 m desde el interior de los contrafuertes y su vano cuenta con una luz de 1,43 m. Está compuesta por tres arquivoltas de medio punto en gradación, cuya sección se compone por un baquetón en la arista flanqueado por variadas molduras. Curiosamente, las arquivoltas no apean sobre el capitel, como es norma, sino sobre las esquina intermedias. Tan sólo la arquivolta exterior y la chambrana presentan elementos decorativos en forma de cabezas de clavo, estrellas de cinco brazos y flores de cuatro pétalos (la arquivolta) y flores de cuatro pétalos y cabezas de clavo circulares de ocho gallones (la chambrana). Por su molduración y por los elementos decorativos utilizados pueden relacionarse con las de la portada de San Lorenzo de Uncastillo. Bajo las arquivoltas se dispone el tímpano, sustentado por sendas ménsulas con garras y cabezas de animales de grandes ojos ovalados y dientes puntiagudos, de las que tan sólo se conserva la del lado este. El extradós del tímpano está decorado por una orla de palmetas inscritas evolucionadas (con graciosos lazos en sus extremos) en la zona semicircular y por un friso de celdillas romboidales bastante deterioradas en su parte inferior. En su interior, sobre un fondo liso, se dispone el crismón trinitario aragonés, de seis radios y travesaño horizontal en el centro, con las letras colocadas en su posición ortodoxa, salvo por la s que es inversa. Las ocho columnas, cuatro a cada lado, que sustentan el conjunto de las arquivoltas son de fuste cilíndrico, a excepción de la exterior del lado oriental, que es de sección octogonal y fruto de alguna reforma posterior. Presentan capiteles con decoración vegetal esquemática, excepto el segundo del lado occidental que presenta dos aves con sus cuellos entrelazados y picoteándose las patas, similar al de San Esteban de Sos del Rey Católico y derivado como él del modelo pamplonés-legerense. El resto de los capiteles, desde el exterior del lado oriental, ofrecen la siguiente decoración: el primero es liso; el segundo tiene en su parte baja dos niveles de pencas con hojas lobuladas por delante; sobre ellas varias espirales separadas por las cabezas de clavo ya citadas; el tercero presenta grandes hojas digitadas superadas por volutas que rematan hojas festoneadas; y el cuarto de este lado muestra grandes hojas unidas por combados y terminadas en volutas; tercero y cuarto ofrecen dados bajo el cimacio, que en todos los casos muestra roleos de semipalmetas bien dibujados. Pasando al otro lado, el exterior occidental está decorado con formas vegetales muy esquemáticas que muestran nervios conectados por incisiones en zigzag a modo de cabrios; el siguiente se distribuye en dos registros, mostrando en el inferior unas vainas vegetales y en el superior unas volutas extremadamente carnosas bajo remate dentado; el siguiente corresponde a la escena comentada de las aves picoteándose las patas, que se encuentra por delante de hojas lanceloladas lisas terminadas en volutas y dados; el último está en la línea de su homólogo del lado opuesto, con ligeras variantes. El examen del repertorio ornamental revela que se da una mezcla entre el repertorio propio del románico pleno hispanolanguedociano (palmetas, hojas digitadas, volutas) y diseños propios del tardorrománico (dados, hojas lisas unidas por combados), todo tratado con tosquedad y marcado por el gusto combinatorio de un maestro rural. El conjunto de la portada está cobijado bajo un pequeño alero encajado entre los contrafuertes que la flanquean, sustentado por cinco modillones con diversas decoraciones a base de rollos y bolas. Existe constancia documental y gráfica de una inscripción que se encontraba grabada en una de las jambas de esta portada, desaparecida en una de las recientes restauraciones de la iglesia. Según Cabañero y Escribano se trataba de un epitafio del monarca navarro Teobaldo I, lo que es razonable si consideramos que en aquel momento la iglesia pertenecía a la diócesis de Pamplona, lo que demuestra la gran influencia de este reino en la zona, aunque estuviera sometida al mandato del rey aragonés. Según Almería, probablemente debió de ser grabado por orden de algún comendador de la Encomienda de Castiliscar y se leía E(ra) M(ilesima) CC / XCI OBI / IT / TEOBALD(us) / REX NAVARR / E, y se traduciría por: “En la era 1291 murió Teobaldo, rey de Navarra”, lo que hace referencia al año 1253. En el muro de los pies abre otra puerta bastante descentrada hacia el Sur, de menores dimensiones, con una anchura de 1,03 m. Es más sencilla que la principal, formada por un arco de medio punto dovelado, que apoya sobre impostas tremendamente erosionadas. Sobre ella se dispone una chambrana en la que continúa la imposta anterior, menos erosionada en esta zona, lo que permite apreciar su biselado y varios restos de una decoración a base de piñas. Sobre este muro occidental, una espadaña con dos vanos campaniles de medio punto remata el conjunto. A pesar de su cronología, previa al románico, no deberíamos pasar por alto la alusión a una pieza de extraordinario valor artístico conservada en esta iglesia. Su procedencia no se ha aclarado completamente, ya que en un primer momento parece ser que se encontraría en el vecino pueblo de Sofuentes, aunque otras prospecciones más recientes hacen que los expertos se inclinen por el yacimiento de Sonavilla, cercano a la ermita de San Román. Se trata de un sarcófago paleocristiano que se usa actualmente como mesa de altar y está colocado en el presbiterio del templo. Es una pieza de mármol, de un color amarillo intenso, que mide 2,23 m de longitud y 0,74 m de altura. Recibió decoración escultórica en uno de sus lados, en el que, de derecha a izquierda, se pueden ver las escenas de la Resurrección de Lázaro, la Curación de la Hemorroísa, la Orante, las Bodas de Caná (en la que una figura muestra un pez, símbolo de Cristo para los primeros cristianos) y la Adoración de los Magos. Se fecha a mediados del siglo IV y por su material y tipología, de friso continuo, se considera una pieza importada directamente de Roma. Por otro lado, entre la iglesia y los muros del castillo, en una intervención reciente que requirió realizar una excavación arqueológica de urgencia, salió a la luz una tumba antropomorfa excavada en la roca, de 1,80 m de longitud y 50 cm de ancho, con la cabecera delimitada y el fondo plano. Presentaba orientación con la cabecera hacia el Oeste y contenía el esqueleto de un individuo adulto colocado en decúbito supino, sin ajuar. No existe documentación ni inscripciones medievales que permitan datar de una forma precisa esta construcción, aunque sus esquemas arquitectónicos y las avanzadas formas escultóricas permiten ofrecer una cronología cercana a la transición de los siglos XII y XIII, aunque ya dentro de este último, lo que coincide con las fechas en las que se instalaron los monjes de la Orden del Hospital de San Juan de Jerusalén en Castiliscar, quienes debieron de ordenar su construcción y propiciar la advocación de San Juan Bautista. Buenaga incluye esta iglesia en un grupo de templos en los que aprecia decoración relacionable con la propia de la arquitectura cisterciense, compuesto por otros ejemplos como San Miguel de Biota, San Esteban de Luesia o Santo Tomás de Layana, lo que corrobora la cronología avanzada de la construcción.