La iglesia parroquial se encuentra en un promontorio de poca altura en medio del caserío del pueblo, con una pequeña plazoleta ante su elegante fachada de finales del siglo XVIII en la que se alternan el ladrillo y los primitivos sillares de alabastro de época románica reutilizados. El templo actual consta de una nave central de cinco tramos con dos naves laterales de menor altura y anchura, cubiertas por bóvedas de arista, mientras que la central se cubre con bóveda de crucería sencilla. Esta construcción supone la transformación de lo que en su día fue una iglesia románica de nave única, con un número de tramos indeterminado y, por tanto, con un aspecto muy diferente al actual. El inicio de la construcción del templo románico tiene como término post quem el período comprendido entre 1145 y 1152, en el que coincidieron el obispo Bernardo II y frey Guillem de Balmes, prior de la orden de San Juan de Jerusalén en Aragón, a quienes se ha supuesto impulsores del proyecto. Tuvo que ser a partir de 1149, año en que se produjo el acuerdo entre los Caballeros del Temple y los del Hospital, que intercambiaron las encomiendas de Novillas y Mallén, entre otras posesiones. Los restos llegados a nuestros días y las aportaciones de las excavaciones arqueológicas indican que se siguió el modelo más habitual en las edificaciones aragonesas de la época, con un plan de nave única, realizado en sillares de alabastro, rematado en ábside semicircular. A tenor de las marcas de cantero coincidentes, en la fábrica participaron canteros que trabajaron en la vecina iglesia de Novillas. En cuanto a las ampliaciones experimentadas por la primitiva construcción románica, como refieren Sancho Bas y Hernando Sebastián, en época gótica se procedió a ampliar la iglesia añadiendo dos tramos a los pies de la nave original y levantando un ábside poligonal que ocultó el románico hasta fechas recientes. Los muros originales de la nave románica fueron perforados para la adición de capillas laterales entre los contrafuertes, pero sin mayores intervenciones hasta el siglo XVIII. En 1763 se estaba construyendo una segunda nave sobre las bodegas y caballerizas de la Casa Prioral, intentando salvar el desnivel del terreno. Fue en el trascurso de estas obras cuando se demolió la portada románica, de la que sólo persiste el crismón. Durante la década siguiente se terminó la nave del evangelio se emprendió la construcción de la tercera nave, levantada sobre el cementerio, y de la torre. Para la ejecución de estas obras se reutilizó el sillar románico en la base de los muros, estribos y fachada, en la cual el alabastro fue alternándose con ladrillo. De las posteriores intervenciones en el edificio, las más reseñables son las diversas restauraciones que se han sucedido desde los años ochenta del siglo xx en las cubiertas de la nave y las capillas, que permitieron descubrir las inscripciones góticas existentes en la nave central y que recuerdan el patrocinio de unas reparaciones efectuadas en 1516 por Abdallah Gali. No fue hasta 1985 cuando se redescubrió el ábside románico, oculto por construcciones decimonónicas. En el 2008 se efectuó una excavación en diversos puntos del pavimento del templo en la que afloraron sarcófagos medievales, junto a una espada, restos óseos, una hebilla y varias estelas grabadas con una cruz patada, utilizada habitualmente por la orden Hospitalaria de San Juan de Jerusalén entre otras, y que ahora están expuestos en la capilla de la Trinidad. De estos testimonios, así como de los verdaderos cimien- tos y dimensiones del templo románico hay constancia en el Informe del control y seguimiento arqueológicos de la restauración de la Iglesia Parroquial de Mallén, redactado por José L. Cebolla Berlanga y Alberto Miñón Querejeta (informe de restauración facilitado amablemente por Tomás Espeleta Sancho). Esta última intervención ha resultado fundamental para la reciente recuperación de la apariencia original del ábside, así como por los restos hallados y estudiados de la antigua cimentación al pie de la primigenia nave única, que han permitido arrojar nueva luz sobre la verdadera importancia y apariencia del que fuera el edificio románico de la iglesia de Mallén. Estos elementos, en primer lugar, permiten conocer las verdaderas dimensiones de la nave, con una longitud que llegaría desde la línea del ábside hasta el cuarto tramo actual, lo que apunta a una iglesia de tamaño respetable. En segundo lugar, se aprecia mejor el tamaño de los sillares, por encima de la media con respecto a lo usual en el románico pleno, así como la coherencia y belleza de su factura, o la de los elementos estructurales y decorativos descubiertos (acabados de las molduras, capiteles de hermoso entrelazo), tanto en el conjunto del ábside como en los testimonios de los cimientos. Por último, las catorce marcas de cantero identificadas en los diferentes sillares, tanto en el interior como en el exterior del ábside, así como en los sillares reutilizados, nos hablan de una cantidad importante de operarios trabajando en una misma obra en un determinado momento. Todo ello refuerza la idea de que la antigua iglesia románica de Mallén supuso un esfuerzo constructivo importante en lo técnico y en lo económico. En cuanto al aparejo utilizado, se observa un sillar de alabastro regular, muy bien escuadrado y de buen tamaño, dado que las medidas de las piezas del ábside arrojan una altura variable de las hiladas, que oscila entre la mayor de 47 cm y la menor de 34 cm. Sin embargo, la blancura original del alabastro sólo es apreciable en los sillares reutilizados en la fachada dieciochesca. Por otra parte, la documentación histórica nos informa del grosor de dos varas que poseía el paramento de la fachada románica cuando fue derruida en 1763. En la parte de los cimientos visible a los pies se observa una molduración que marcaba el zócalo de los muros laterales, lo que indica que esta planta tendría en alzado pilastras laterales en sus muros, las cuales sostendrían arcos fajones que soportarían una bóveda de cañón, probablemente apuntada por su ejecución en la segunda mitad del siglo. Si bien estos soportes se perdieron, en el interior del ábside se han dejado a la vista la parte frontal de dos pilastras del siglo XII que flanquean el retablo mayor, el cual las oculta casi por completo. Poseen sección poligonal achaflanada, indicativa de su cronología tardía, y se coronan con sendos capiteles de bellos entrelazos de cinta triple, aunque han perdido su zócalo original. El capitel del lado del evangelio está muy deteriorado, pero el derecho está mejor conservado, incluso el fuste de esta pilastra muestra restos de policromía de época indeterminada. Estos capiteles están rematados por un ábaco del que parten las nervaduras de época gótica y que en origen también soportaría nervios, probablemente convergentes en el arco de embocadura. El ábside románico semicircular, cuya anchura original de 8,34 m se ha mantenido, está circunvalado por los muros de época posterior y, por tanto, puede contemplarse desde el deambulatorio. Si bien al interior apenas se adivina su apariencia original, ya que se modificó su trazado, su alzado al exterior se revela de hermosas proporciones. Bajo el estuco retirado en la restauración, el buen trabajo de la piedra se muestra magnificamente conservado. Como base del ábside, encontramos un zócalo bien trabajado que termina en rebaje biselado. A media altura y marcando la línea de arranque de las ventanas, se dispuso una moldura horizontal de triple baquetón, relacionable con otras construcciones aragonesas y navarras de la segunda mitad del siglo XII. En el eje del cuerpo central, entre fustes de columnas adosadas, se abre un vano en aspillera abocinado enmarcado por arco de medio punto. Se trata de la única ventana de la cabecera y cuenta con considerable complemento ornamental consistente en la cuidada molduración del abocinamiento, la sucesión de arcos en el remate (interior en grueso toro flanqueado por escocias, intermedio de triple acanaladura y chambrana exterior decorada con roleos) y las columnitas laterales que conservan cimacio liso apoyado sobre dos capiteles. El de la izquierda está decorado con un tosco entrelazo, mientras que el derecho está compuesto por hojas estriadas terminadas en volutas y agrupadas de dos en dos. De la fachada original tan sólo se conserva el crismón, encastrado en la fábrica de época posterior. Tiene círculo central y seis radios en los que se superponen las letras X, P y la S (de la palabra griega que significa Jesucristo). Esta referencia se ve completada con el alfa y la omega en orden inverso, alusión a la condición cristológica de principio y fin de todas las cosas. En el espacio libre se incluyen dos diseños circulares, el de la izquierda en forma de estrella de catorce puntas, simbolizando al sol, y el de la derecha del observador con un creciente volteado. Estamos, por tanto, una vez más ante un crismón románico acompañado de símbolos cósmicos. El crismón está trabajado en una pieza en forma de dovela, lo que nos lleva a pensar en que adornaba la clave de un arco (como en el no lejano de Litago, por ejemplo), en vez de su habitual ubicación en un tímpano. La utilización conjunta de elementos procedentes del románico pleno (como los motivos ornamentales de los capiteles) y de otros plenamente característicos del románico tardío, caso de las molduras horizontales o de la disposición de soportes en el interior del ábside, lleva a situar la edificación original de este templo en el tercer tercio del siglo XII y a establecer su relación con tipologías difundidas en el entorno del valle del Ebro.