SAN JUAN BAUTISTA DE VILLAVEGA es una sencilla iglesia de una nave dividida en cuatro tramos, ábside semicircular precedido por presbiterio rectangular, abierta en el muro sur y espadaña a los pies. Está erigida con sillería arenisca de tamaño regular, bien escuadrada y dispuesta, observándose que las piezas de mayor grosor se colocan en la parte baja del edificio. En el interior no se aprecia la talla original debido al abujardado de las diferentes intervenciones posteriores. Un arco triunfal apuntado y doblado se encarga de separar la cabecera de la nave. Apoya en dos pares de columnas con interesantes capiteles. El hemiciclo de la cabecera presenta bóveda de horno, en tanto que el presbiterio y la nave se cubren con bóveda de cañón apuntado. La cubierta se encuentra sostenida por arcos fajones que reposan en semicolumnas adosadas con sencillos capiteles y basas de sección circular. El último tramo de la nave, justamente encima del coro de madera, tiene una cubierta de cañizo a tres vertientes. En el presbiterio se abren sendas puertas románicas. Son de arco apuntado con capiteles decorados sostenidos por columnillas. Una de ellas se encuentra cegada mientras que la otra da acceso a la sacristía. Al exterior, el ábside se levanta sobre un pequeño podium y presenta una articulación de tres paños muy original a base de columnas geminadas en un piso inferior y de un solo fuste en el piso superior. Como ocurre en la iglesia de Gama, en el espacio central se abre un vano que es ocultado por un contrafuerte macizo de cronología posterior. Este contrafuerte central junto con los otros dos que se adosan a ambos lados del semicírculo absidal sirven para reforzar la edificación. Una hilera de canecillos decora el alero del ábside y una moldura lo recorre a la altura del arranque de las ventanas. El acceso al templo se realiza desde una portada románica, abierta en el tercer tramo del interior de la nave y protegida por un atrio moderno. Posee arco apuntado, cuatro arquivoltas que apoyan sobre capiteles decorados y chambrana. En altura destaca la espadaña románica que se eleva sobre el hastial. Está configurada en tres niveles con imposta lisa en el cambio de cuerpo. El tramo inferior es totalmente macizo, a excepción de un vano rectangular y estrecho. El tramo intermedio alberga las campanas en dos aberturas de medio punto y el tramo superior posee el característico remate a piñón. La fisonomía original del edificio, a pesar de las ampliaciones y modificaciones sufridas, se nos presenta bastante completa. La fase constructiva dominante en el templo es claramente románica tardía -de transición entre el siglo XII y el XIII- en la que se asienta la nave, ábside, portada, ventanas y la espadaña. Esta delimitación cronológica que hacemos del edificio no debe pasar por alto algunas reformas y añadidos posteriores: el atrio, cuyas paredes laterales son con seguridad posteriores al cierre de éste; sacristía construida en torno al siglo XVII-XVIII, la gran mayoría de los contrafuertes, el cierre del campanario y el baptisterio. La decoración escultórica es sumamente interesante. En su interior, ésta se centra en los capiteles del arco triunfal, en las dos arquerías del presbiterio, en el vano absidal y en los capiteles y ménsulas que soportan los fajones. El arco triunfal descansa sobre columnas geminadas cuyos capiteles representan dos grifos afrontados, muy similares a los de la iglesia de Santa María de Villacantid, en Santander, con la que tiene enormes semejanzas. El otro capitel representa una escena de lucha y mediación. En el centro, entre los dos jinetes, aparece de pie la figura del mediador sujetando las riendas de los caballos. Los caballeros, con cota de malla y yelmos puntiagudos, cruzan sus armas: el de la izquierda, ha clavado su lanza en el escudo de tipo normando que protege a su enemigo, quien parece afectado por el golpe. Los caballos están captados en el momento del salto. Para García Guinea la figura mediadora es un ángel, frente al habitual carácter femenino de este mediador, figuración del papel de la Iglesia en las instituciones de la Paz y Tregua de Dios. El trasdós del arco orientado a la nave está decorado con un dentado andresino semejante al de la segunda arquivolta de la portada. La ornamentación de las arquerías del presbiterio se concentra en sus capiteles. La que permite el paso a la sacristía tiene decorados sus dos capiteles con motivos vegetales, el izquierdo provisto de cuatro niveles de caulículos. La portada cegada, al otro lado del presbiterio, presenta en sus capiteles escenas con leones vueltos y afrontados, con un fondo vegetal. El único vano románico del ábside, hoy condenado por el contrafuerte, se abría en el eje de éste. Las columnillas se apoyan en basas de talla irregular cuya forma recuerdan las de Villanueva de Pisuerga y Villacantid. Sus capiteles representan motivos vegetales, hojas esquemáticas y piñas respectivamente. Dos impostas con decoración de rombos recorren interiormente el semicírculo absidal. El resto de la escultura que aparece en el interior del templo se centra en los capiteles y ménsulas de los arcos fajones de la nave. Representan motivos vegetales muy simples y un centauro sobre fondo vegetal de cronología gótica. El máximo interés decorativo del exterior del templo se localiza en el ábside y en la portada. El primero, cuyo tambor se articula en tres paños delimitados por columnas adosadas de original disposición, puesto que hasta la altura de los cimacios de la ventana absidal se presentan como columnas geminadas y a partir de este nivel y hasta integrarse en la línea de canes de la cornisa continúan como columnas sencillas. Los capiteles inferiores que coronan las columnas geminadas representan animales afrontados, en uno, y la cacería de un oso o la lucha entre un hombre y un animal, en el otro. Según García Guinea es probable que represente, como en Villacantid (Cantabria), la caza del oso. Estas escenas de caza pudieran concebirse con sentido simbólico, de lucha contra el pecado. Este tema, que ya aparecía en la iconografía tardorromana, se dará en buen número de ejemplos de época románica: Zillis, Saulieu, Benavente o Jaramillo de la Fuente. Los capiteles superiores representan una gran cabeza de león engolando la columna, con vivos recuerdos del glouton del atrio de Rebolledo de la Torre (Burgos) y una escena de lucha ecuestre entre caballeros. Ambos enlazan con la cornisa de rombos que recorre el perímetro exterior del ábside. Una hilera de canecillos decora la cornisa de la nave y del ábside. En estos últimos se representa un lector y un ave con una serpiente que se enrosca en su cuello, piezas que permiten filiar bien la escultura de Villavega con el atrio de la citada iglesia de Rebolledo de la Torre; el resto son de simple proa de nave. La portada, de cronología posterior al ábside, se organiza en torno a un arco apuntado, decorada su rosca con un bocel y chevrons entre los que se representan figurillas humanas, animales y motivos vegetales, alrededor del cual se disponen cuatro arquivoltas igualmente decoradas. La primera tiene el mismo dentado aunque la decoración sólo aparece en dos de los dientes de sierra. El resto de arquivoltas alternan molduración de boceles y medias cañas. Apean sobre cuatro pares de columnas acodilladas carentes de basas y que descansan en un plinto. Sus capiteles son muy toscos, con decoración vegetal, excepto en dos cestas que representan una especie de aves y caballos afrontados. Estos motivos vegetales también aparecen en los capiteles del vano románico abierto al exterior de la nave. Tanto los prototipos vegetales como los dientes de sierra, inspirados en modelos andresinos, han llegado a la iglesia de San Juan Bautista de manos de un escultor poco hábil que acude a una evidente simplificación de modelos. La tipología de la decoración de los capiteles, que podemos considerar ya gótica, es indicadora de una cronología tardía. En el baptisterio se conserva una pila bautismal románica, de copa troncocónica invertida dividida en dos cuerpos, el inferior liso y el superior decorado con bandas verticales que presentan hojas cuatrifolias inscritas en círculos. La pieza guarda cierto parecido con la pilas de Revilla de Santullán y San Miguel de Brañosera.