LA IGLESIA DE SANTO TOMÉ se encuentra extramuros, al este de la villa, cercana al convento de La Concepción y abierta a la plaza de su nombre. En la actualidad sus restos exteriores se encuentran semiocultos entre una maraña de edificaciones modernas que se ha permitido que se adosen al templo, llegando incluso a ocupar la torre. Este estado de abandono le viene de antiguo ya que hemos de recordar que al paso de Quadrado por Cuéllar en la segunda mitad del siglo XIX sus muros ya estaban ennegrecidos y consumiéndose en el abandono. Salta a la luz documental con ocasión del reparto de las rentas del obispado segoviano encargado en 1247 por el cardenal Gil de Torres, con lo que se nos aporta una primera fecha para el inicio de la construcción. En él se muestra como una parroquia de tamaño medio en el conjunto de la provincia de Segovia al tributar por valor de diecinueve maravedís menos dieciocho sueldos, cercana a los veintiuno de Santa María de la Cuesta o veintitrés de San Yagüe. Reaparece el 18 de agosto de 1272, en un documento emitido en Orvieto por Gregorio X con motivo de una disputa entre los clérigos de Cuéllar por cierta cantidad de dinero con el arcipreste de la iglesia de San Pedro, y que había de ser resuelta por el arcediano de Lara. En el recuento de clérigos cuellaranos realizado en 1361 aparece dotada con dos beneficiados, al igual que Santiago, La Trinidad, Santa Marina y San Miguel. Está canónicamente orientada y construida en fábrica mixta de mampostería y ladrillo. Consta de una nave de tres tramos significativamente desenfilados con respecto a la cabecera, de tramo recto presbiterial y hemiciclo curvo. Se encuentra completamente revestida de yeserías barrocas que encubren los tres tramos de bóvedas de crucería originados desde formeros y perpiaños apuntados que se intuyen para la nave, y el medio cañón y horno igualmente agudos en el ábside, que anuncian para ella una cronología tardía dentro de los cánones del románico. Tras este se construyó en el siglo XVIII un camarín, posiblemente relacionado con el culto a la Virgen gótica que preside el altar mayor bajo el modelo de María como sedes sapientiae, evolucionado desde formas románicas. Tras varias remodelaciones, se han reducido significativamente los restos románicos del templo, algo que se evidencia de forma clara al exterior donde el costado septentrional ha quedado oculto por completo. En el meridional se registran las huellas de distintas campañas constructivas en el mampuesto, así como el arranque de un arco de medio punto en la zona de los pies. Sostienen la cornisa de listel y chaflán una hilera de canes lisos que ocupa la zona más antigua de la nave -los dos tramos más próximos al ábside- y continúa por la cabecera. En el interior del pequeño pórtico se encuentra reubicada y en buena medida rehecha una pequeña portada románica. Se compone de tres roscas de medio punto, de arista viva las extremas y de baquetón entre cenefas de punta de diamante la central. Todas reposan sobre cimacios corridos a modo de imposta de perfil de listel y chaflán sustentados a su vez por jambas entre las que se acodan sendas columnillas en la zona central que arrancan sobre plintos y basas de único bocel. Rematan en capiteles cúbicos -al modo de los vistos por ejemplo en la portada de Aldeasoña-, a los que anteceden piezas que imitan el perfil de la basa, mostrando en los dos casos una sencilla decoración incisa a base de pequeñas líneas verticales y diagonales en varios registros, quedando reservada la zona del ángulo para toscos motivos ovalados y muy deteriorados -quizá rostros-, que ocupan ambas caras de la cesta. La torre está construida en mazonería con refuerzo en los esquinales de sillares calizos y rafas de ladrillo. Está situada a los pies, en el flanco noroeste, y compuesta en la actualidad por dos cuerpos en releje. Posiblemente rematasen en un tercero que acogería el campanario. A ambos se les han practicado caprichosos vanos que desvirtúan por completo el conjunto. Al interior sorprende la enorme curvatura de la nave, siendo esta especialmente pronunciada en el tramo más cercano a los pies, quizá añadido en una tardía campaña al cuerpo de la iglesia. Se conservan en su costado septentrional dos arcosolios góticos, más antiguo y sencillo el del tramo central y de mayor profusión y tardogótico el más cercano al ábside, según Quadrado perteneciente a la familia Arellano. En el muro sur se abre un acceso apuntado que hoy se encuentra cegado. Como se ha dicho está por entero revocada con yeserías barrocas, aunque sin desfigurar el perfil de los elementos estructurales. En la zona del ábside y bajo esta capa están comenzando a aflorar restos de pinturas bajo algunos desconchones, aun de escasa entidad para poder emitir un juicio sobre su temática, características o cronología, que a buen seguro se analizarán en un futuro esperemos no muy lejano. Desde el acceso al camarín se distinguen partes del grueso muro del ábside, en donde se ubica una aspillera original recercada en sillería. Adosada al lado de la epístola se encuentra la dependencia que hacía función de sacristía, hoy trastera, desde la que también se observan partes originales del ábside románico, cuyo tramo presbiterial se manifiesta especialmente corto.