Es la construcción de mayor envergadura de la aldea abandonada y se sitúa en lo que podríamos describir como la zona alta de la misma, dominando el conjunto urbano aunque a unas decenas de metros de éste. La pequeña iglesia posee planta rectangular de nave única rematada por un ábside semicircular orientado al Este. Las medidas del interior de la nave son reducidas, ya que tiene una longitud total de 13,6 m por 5,15 m de anchura. Un arco transversal ligeramente apuntado marca dos zonas en la cubierta lignaria de la nave, pero dado que descansa en una ménsula que apenas sobresale del muro, no supone una cesura espacial significativa. El anteábside, como es habitual, se presenta algo más estrecho que la nave y cubierto por un tramo poco profundo de bóveda de medio cañón, que a su vez da paso a la zona del semicírculo absidal, cubierto por bóveda de cuarto de esfera. En cuanto al alzado externo, y comenzando por la zona de la epístola, destaca la solidez de los muros, ya que solamente se abren al exterior la portada de entrada, de mediano tamaño (1,14 m de luz) y dos pequeñas ventanas a modo de saeteras que adoptan remate de medio punto a base del rebaje de la piedra que hace las funciones de dintel. Ambas poseen un marcado derrame hacia el interior del edificio. Precisamente este detalle llevó a Abbad Ríos a afirmar que San Nicolás de Ceñito presenta formas propias de las iglesias más antiguas de Cinco Villas, frente a ejemplos más evolucionados en los que esta tipología de vanos da paso a ventanales con igual abertura a ambos lados del muro (aunque evidentemente esta norma no puede tomarse como de general cumplimiento). La portada está situada en el lado meridional y está realizada en el mismo tipo de piedra sillar que el ábside, lo que permite datarla en la primera fase de construcción. Consta de una doble arquivolta de medio punto, quedando la exterior a ras de muro, sin sobresalir, con decoración de ajedrezado organizado en tres hileras de billetes que ocupan la parte exterior de la rosca. La arquivolta interior, por el contrario, queda lisa y apoya sobre dos sillares en suave voladizo, de mayor tamaño que la media y con un ligero resalte casi a modo de capitel libre de decoración, dotando al conjunto de un aspecto sencillo pero no simplista. Un doble sillar constituye el umbral. Se aprecia claramente en los muros, tanto al exterior como al interior, la convivencia de distintos aparejos, con tres variantes perfectamente discernibles por tamaño, forma y disposición. En la zona que conforma el ábside y la portada, las piedras son de mayor dimensión, casi cuadradas y están labradas con gran calidad. Este aparejo se interrumpe poco más allá del anteábside, para dar paso a un sillarejo bastante irregular, que en determinadas áreas por la abundancia de mortero deviene en mampostería. Este segundo aparejo se extiende por la mitad inferior del muro sur (excepto la portada y su entorno) y por la casi totalidad de los lienzos septentrional y occidental de la nave, reforzado en las esquinas con cadenas de sillares. De manera extraña, la mitad superior del muro sur recupera un aparejo semejante al de la cabecera, pero no llega hasta la cornisa, sino que justo encima de la hilada de culminación de las ventanas es sustituido por un muro igualmente constituido por sillares tallados con instrumento cortante, pero reduciéndose su tamaño. De este modo, en la cabecera y en parte del lienzo sur la altura de hiladas ronda en torno a los 35-40 cm, mientras que en estas hiladas más altas la altura se reduce aproximadamente a la mitad. Según Abbad Ríos, la presencia de hiladas de sillares con alturas mayores (próximas a los 40 cm) es propia de Ceñito, Sos y Undués Pintano, todas ellas del románico más antiguo de las Cinco Villas. Y, sin embargo, esta confusión de campañas constructivas se iguala por la presencia de hasta catorce mechinales que horadan la solidez del lienzo en las distintas zonas, de variadas tipologías, formas e incluso espesores. El modo como se distribuyen los aparejos no se compagina con facilidad con una mera sucesión de etapas constructivas en períodos sucesivos, ya que el aparejo de mayor calidad se extiende por la parte presumiblemente más antigua (cabecera), pero también en medio del más descuidado (portada) y por encima de éste. En consecuencia, la explicación más plausible radica en la participación conjunta de dos talleres en la construcción de los lienzos, de suerte que se repartieron el trabajo: el de mayor calidad quedó encargado de la parte más relevante: ábside y puerta; mientras el otro, probablemente de tradición local, se hacía cargo de muros menos importantes, como el septentrional y el occidental. Lo raro es la combinación de ambos en el meridional, que se explicaría por el deseo de concluir la obra rápido, en la confianza de que el enlucido posterior, que solía concluir los trabajos, ocultaría las diferencias. El aparejo más pequeño de la parte superior podría justificarse tanto por su adecuación a su ubicación en altura como a la presencia final de un tercer taller. Como sucede con frecuencia, la cabecera tiene menor altura que la nave, aunque en este caso no se abre una ventanita sobre el arco triunfal, como en otras iglesias de la época (Bagüés). En el ábside advertimos la edificación más cuidada, con el trabajo de la piedra esmerado y la presencia de una ventanita en el eje. Con marcado derrame hacia el interior, el vano visto desde el exterior culmina en una pieza monolítica semicircular en que fue esculpido un precioso crismón (con la omega colgada del radio izquierdo y el alfa en la parte derecha del espectador, y con la S invertida). A los lados del crismón se lee la inscripción S(an)CTUS NICHOLAI. Crismón y montantes quedan en plano rehundido con respecto del paramento absidal. La chambrana se adorna con doble moldura semicircular decorada con bolas. En la séptima hilada de piedra, y junto a la mencionada ventana, aparece un sillar decorado con un motivo de palmeta simple pero de buena factura, lo que denota la calidad del maestro cantero encargado de la realización del tramo mural del ábside. Además de la decoración propiamente dicha, también hay una serie de formas grabadas en ciertos sillares, desde marcas de cantero en doble espiral hasta la presencia de cruces indicando probablemente lugares de enterramiento junto al muro de la iglesia, por no mencionar las inscripciones modernas y el reloj de sol visibles en la fachada sur. El muro septentrional no poseía vano alguno en origen; con posterioridad se abrió una puerta de mediano tamaño y simplemente adintelada en la zona central de la nave. En la actualidad no es practicable, ya que está parcialmente tapiada por medio de piedras semisueltas. Ya se ha indicado su factura de sillarejos y mampostería, salvo en la esquina, donde por motivos estructurales de nuevo aparecen los sillares de gran tamaño empleados como refuerzo. Nueve mechinales dispuestos en retícula permiten asegurar que la construcción se realizó a base de andamios de madera empotrados. El hastial no posee motivo ornamental alguno ni vanos apreciables; únicamente marca en la zona superior el sistema de cubierta a dos aguas. Los mechinales también en este caso conforman una malla de nueve oquedades. Precisamente la cubierta a dos aguas, actualmente de teja apoyada sobre varas de madera transversales, según estudiosos como Abbad Ventana del ábside con crismón Ríos, era en su momento de pizarra (como en Navardún y Undués Pintano). El interior del templo es sumamente sencillo. Destacan las tres ventanas descritas en el exterior: dos de medio punto del muro sur y el del ábside (éste con chambrana de tres hileras de billetes). La nave se cubría con techumbre a dos aguas sustentada por medio de una serie de cerchas triangulares que se hallan embebidas en la mampostería irregular que corona la zona superior del muro. El ábside se cubre por medio de bóveda de horno realizada en piedra sillar de dimensiones más reducidas que la del muro exterior. Aparecen algunos detalles ornamentales interesantes, como la imposta adornada con triple hilera de billetes minuciosamente ejecutada, la cruz grabada en el sillar bajo el vano del ábside o la presencia de una palmeta y una roseta en sendos sillares a media altura en la zona meridional del semicilindro. El arco triunfal descansa en pilastras de sencilla decoración (bocel en la parte inferior y moldura de billetes en la superior meridional). Precisamente la presencia de estas pilastras estructurales de planta cuadrada llevó a algunos autores como Abbad Ríos a asegurar que la forma geométrica de los mismos se fue complicando con el tiempo, y que las más antiguas como Ceñito poseen pilastra cuadrada o rectangular, mientras que las iglesias más evolucionadas como Santo Tomás de Layana tienen una columnilla redonda adosada al muro. No obstante, la diferencia entre pilastras de sección cuadrangular y columnas adosadas responde a menudo a la ambición y a las posibilidades económicas del proyecto arquitectónico. Junto a los pies de la iglesia, en el interior, aparece una pila bautismal de piedra tallada en un solo bloque, parcialmente rota y tirada en el suelo, sin decoración de ningún tipo. Por lo que respecta a la época de ejecución del edificio, como se ha dicho, Abbad leyó una inscripción en el ábside con el texto ERA MCXXXVIII que, una vez restados los treinta y ocho años de la era hispana, proporciona una datación en el año 1100, supuestamente referente a su consagración. Esta cronología se ajusta perfectamente a las formas que están ante nuestros ojos, producto de la convivencia de maestros o talleres tradicionales (que edificaban muros de sillarejo y mampostería) con los formados en las fórmulas internacionales llegadas con la catedral de Jaca, Loarre y otros grandes encargos, quienes labraban la piedra con esmero y difundían un repertorio ornamental en el que las palmetas, las bolas y el ajedrezado constituían señas de identidad.