Todo parece indicar que la mezquita que ocupó el solar de la actual iglesia se utilizó como lugar de culto cristiano poco después de 1120, fecha de la conquista, siendo en ese momento la única iglesia abierta al culto. Se tiene noticia documental de ella entre 1130 y 1136, en una referencia a las constituciones acordadas por don García, obispo de Zaragoza, para la ecclesia beate Marie de Darocha, firmadas en presencia de Fertun Garceç alchaide de Darocha, tal como recoge Lacarra. Más adelante se habría empezado a construir el edificio románico, de nueva planta, a mediados del siglo xii, del que tan sólo nos queda el ábside y parte del paramento mural del exterior del antiguo transepto. El 13 de octubre de 1283 aparece una referencia documental a esta ecclesia de Santa María de Daroca al haberse reunido el concejo en ella, segunt que es costumbrado, “para designar a los procuradores ante la junta de Zaragoza para defensa de los fueros de Aragón”. Esta iglesia fue objeto de especial atención por parte de arzobispos, papas y reyes, ya que los Sagrados Corporales la convirtieron, junto con Daroca, en un importante centro religioso y lugar de peregrinación para los cristianos. Según el documento de 1230, citado en la introducción, esta parroquia contaba con 104 vecinos en esta fecha, situándose en la quinta posición por número de almas, aunque consiguió erigirse en la principal, a lo que debió de contribuir el traslado de los Corporales a la misma. Esta preeminencia quedó expresamente reconocida al ser elevada a Colegiata por el arzobispo de Zaragoza don Lope Fernández de Luna en 1377, confirmando tal concesión Benedicto XIII en 1395. Las etapas principales de la iglesia de Santa María se pueden simplificar en tres grandes momentos: la construcción primitiva románica, la reforma y ampliación gótica y la configuración definitiva renacentista. No parece quedar claro si el primitivo templo románico contó desde su origen con una o tres naves. En todo caso, ya fuese modificando dicha construcción o finalizándola, en período gótico se elevaría la nave central y se añadirían las laterales. Se tiene constancia de que se edificó un claustro en 1282, que estaría cubierto con bóveda de crucería simple y adosado al muro norte de la iglesia románica, del que quedan abundantes dovelas reaprovechadas en la fábrica del siglo XVI. Desde mediados del siglo XIV hasta su transformación definitiva en el siglo XVI se alargan las naves en un tramo más hasta configurar la puerta del Perdón, se realizan las obras de la capilla de los Corporales y se reviste con sillería caliza la antigua torre de ladrillo mudéjar del siglo XIII o XIV. Del último período de esta época data la capilla de los Ruiz o de los Alabastros. En la fase renacentista se configura el grueso de la edificación actual cambiando la orientación del templo. La obra fue encargada al arquitecto castellano Juan Marrón y en 1598 ya estaba terminada. Su configuración es la de una iglesia-salón de tres naves de igual altura, cubiertas con bóvedas estrelladas salvo en la zona del presbiterio, que es de casetones. También la actual portada principal abierta en el muro sur es de esta época. A lo largo de su historia ha sido reparada y restaurada en varias ocasiones aunque la que le proporcionó la imagen actual fue la de la década de los 60 del siglo xx, bajo la dirección del arquitecto Antonio Chóliz. A pesar de ser polémica en algunos aspectos, recibió el premio Ricardo Magdalena de arquitectura en 1965. En ella se sustituyó la cubierta de las naves principales, se demolió la antigua sacristía para liberar el ábside románico y se reformó la capilla de los Corporales, reconstruyendo el exterior del ábside y recomponiendo sus ventanales, columnillas, zócalo y cornisa. Entre los años 1987 y 1998 se ejecutó la última restauración a cargo de los arquitectos Fernando Aguerri y Javier Ibargüen para minimizar los daños estructurales que causaban algunas de las soluciones empleadas en los años 60 y la ubicación en pendiente del templo. Todo parece indicar que la planta del original edificio románico contaba con tres naves, la central de mayor altura y anchura, seguramente de tres tramos, y con un crucero que no rebasaría la anchura de las naves laterales. La cabecera se compondría de tres ábsides, contando el central, el único conservado, con un largo presbiterio. Acerca de los laterales, algunos autores afirman que serían de testero recto, mientras otros los suponen semicirculares, lo que sí parece claro es que los tres estarían intercomunicados, hasta las reformas bajomedievales, por altos arcos apuntados. En el central se conservan tres vanos de medio punto que abren al Este, Norte y Sur, sobre un aparejo sillar bastante perfecto con unas potentes medidas de hiladas entre 20 y 38 cm. El hecho de que la portada del Perdón, la considerada como principal en el momento de su construcción, fuera realizada siguiendo esquemas góticos, es uno de los indicios para Torralba que indica que la obra románica no llegó a terminarse como tal, pues de haber sido así se hubiera respetado la portada románica, al igual que se conservan otras en la villa, como la de San Miguel, a cuyo planteamiento arquitectónico parece que se asemejaría el conjunto del templo. El sistema de cubrición utilizaría la bóveda de cañón apuntado, con arcos fajones doblados del mismo tipo, que apearían sobre columnas adosadas a cuatro recios pilares cruciformes. Éstos compondrían los tres tramos de las naves que ocupaban a lo largo todo el ancho de la iglesia actual, con un coro alto a los pies. De esta primitiva iglesia se conserva restaurado el ábside, convertido en capilla de los Corporales, un pequeño espacio cubierto con cañón apuntado, perteneciente al ábside lateral del lado norte, hoy pórtico de la sacristía, y un paño de muro con un vano románico al sur del crucero. El ábside queda dividido al exterior en tres paños verticales de 5,60 m de anchura, separados por dos medias columnas adosadas, que terminan en capiteles con decoración vegetal a base de sencillas hojas lanceoladas estriadas. En cada segmento vertical abre una ventana de arco de medio punto, achaflanado, sobre columnillas de fuste cilíndrico rematadas con capiteles decorados con motivos vegetales e historiados. Las tres ventanas tienen un arco exterior a modo de chambrana con ajedrezado, que apoya sobre una imposta, igualmente ajedrezada, que recorre toda la semicircunferencia absidial. La única diferencia entre las ventanas es que la arquivolta achaflanada de la central está decorada con rosetas cuadrifolias mientras que las de las laterales son lisas. Los ábacos de todos los capiteles presentan esta misma decoración vegetal, al igual que el friso de arquillos ciegos achaflanados que recorren el ábside. Estos arquillos, salvo los que apean en las columnas adosadas al cilindro absidial, descansan sobre ábacos ajedrezados dispuestos sobre modillones lisos. Por encima de los arquillos ciegos discurre la cornisa volada, de nuevo decorada con ajedrezado, que apoya en otra serie de modillones lisos, algo menores que los anteriores. Por suerte las construcciones adosadas al exterior del ábside sólo han dañado algunas partes de los capiteles de las ventanas. Al interior se han conservado igualmente, gracias al revoco dispuesto para realizar la decoración pictórica de época gótica, aunque en su picado se hayan perdido algunas partes. Respecto a los exteriores, siguiendo un orden de Sur a Norte se representan las siguientes figuras o escenas: en el primer capitel de la ventana sur se aprecia un animal cuadrúpedo de difícil interpretación por su deterioro, mientras que el segundo representa la lucha entre dos caballeros a lomos de sus cabalgaduras; el de la izquierda del espectador porta escudo en almendra, en tanto que el de la derecha se defiende con rodela circular, lo que nos lleva a considerar la posibilidad de que se represente el combate entre un caballero cristiano y otro musulmán, caracterizado igualmente por una cabeza desproporcionada que recibe el impacto de la lanza de su oponente. En cierto modo nos recuerda al combate entre Roldán y Ferragut del palacio de Estella (Navarra), aunque en Daroca ninguna inscripción identifica a los protagonistas. En la ventana central aparecen dos aves enfrentadas, en el primero, y un personaje calvo (¿con bolsa al cuello símbolo de la avaricia?) entre dos demonios gesticulantes, en el segundo. Curiosamente, también en Estella el combate entre caballeros está acompañado por un capitel con castigos infernales. Finalmente el primer capitel de la ventana norte se decora con un entrelazo muy mal resuelto y el segundo mediante dos cuadrúpedos enfrentados (que recuerdan a los leones patilargos del pleno románico hispanolanguedociano) sobre un fondo vegetal bastante erosionado. Tras la última restauración se puede acceder al interior del cilindro absidial, oculto tras el cascarón de bóveda nervada de la capilla de los Corporales construido en el siglo xv, gracias a una escalera vertical colocada en el camarín que permite ascender a una plataforma, desde la que pueden admirarse los capiteles y las pinturas góticas. En estos capiteles interiores se pueden identificar la mayoría de los temas representados con pasajes de la vida de Jesucristo, a pesar de que parte de ellos se encuentren cubiertos por el revoco y las pinturas. Estas escenas desarrollan un ciclo de la infancia de Jesús. Sus esquemas compositivos son simples, generalmente con una figura en cada cara. De la Anunciación vemos a María sedente y la punta del ala del ángel que toca su hombro; el ángel se sitúa a la derecha del espectador, alterando la distribución más habitual. En la visitación de María a Santa Isabel también una de las mujeres extiende su brazo para tocar el hombro de la otra, que inclina su mirada al suelo. La escena de la presentación de Jesús se resume en María portando las palomas y Simeón que extiende los brazos para recibir a Jesús, cuya figura se ha perdido, sobre el altar. De la huida a Egipto es visible la figura de José portando un bastón en tau y el ronzal de la cabalgadura cuya cabeza asoma tras el enlucido. Igualmente se han identificado el sueño de San José y Jesús entre los doctores. Los rasgos formales indican la perduración de fórmulas languedocianas en el tratamiento de los plegados, caracterizados por el recurso a líneas dobles incisas, predominio de suaves curvas y orlas de vestidos adornadas. Los rostros también manifiestan ecos del arte languedociano a la manera bearnesa, con óvalos alargados, ojos almendrados oblicuos y barbas y cabellos tratados mediante mechones paralelos. Las cabezas resultan grandes, desproporcionadas con relación al resto del cuerpo. Las pinturas góticas del siglo XIV, semejantes a las de los ábsides de San Miguel y San Juan, fueron encargadas en 1370 al pintor Enrique de Bruselas, que las finalizó antes de acabar la centuria. Su programa narra el tránsito de la Virgen que, rodeada de los apóstoles, yace en una cama mientras su alma se le escapa por la boca. Son manifiestas las semejanzas en las soluciones constructivas de época románica de dichas iglesias, sobre todo en el friso de arquillos ciegos que coronan los cilindros absidales de las tres, creando una tipología característica en esta ciudad, propia de un románico tardío que, en el caso de la primitiva iglesia de Santa María y de los Corporales se puede fechar en la segunda mitad del siglo XII.