LA IGLESIA DE SANTIAGO está situada a mitad de camino de la Calle Mayor, la cual comunica la catedral con el castillo. Su testero mira al Este y se encuentra apoyado sobre la muralla y una pequeña cripta que le ayuda a salvar el desnivel con la calle. Se levantó en tiempos del obispo don Cerebruno, entre 1156 y 1164, siendo en origen una iglesia pequeña con cubierta de madera que se reedificó a raíz de las obras de la catedral, de ahí que algunos aspectos de su mofología remitan a esta última. Con el paso del tiempo el templo dejó de ser parroquia para convertirse en la iglesia del convento de Clarisas. La historia de este cambio de titularidad vino por la cesión que el Cabildo hizo a dos hermanas seguntinas para que la utilizaran como templo abacial. Estas dos mujeres, María y Catalina, eran hijas de Diego de Villanuño, el cual vino a Sigüenza como servidor del Cardenal Mendoza en 1470. Llegó a ser concejal del Ayuntamiento y más tarde Mayordomo del Cabildo Catedralicio. Tras quedarse huérfanas, su vida ascética creció, queriendo convertir su vivienda en residencia monjil. Obtuvieron del Papa Adriano VI la oportuna licencia al tiempo que el Cabildo les concedía la antigua iglesia de Santiago como capilla, nombrando abadesa a doña María y priora a doña Catalina. En un principio eran conocidas como “Beatas de Villanuño”, más tarde “Beatas de Santiago” y por último, Religiosas de Santa Clara. Nos encontramos ante una iglesia de una sola nave dividida en seis tramos, con portada en su fachada occidental. Se completa con cabecera de planta rectangular y espadaña adosada e inconclusa en su lienzo norte. Pertenece a un románico tardío, de finales del siglo XII o comienzos del XIII, y en algunos aspectos sigue las pautas de los talleres languedocianos de la catedral, con el uso de arcos apuntados, bóvedas de crucería, columnas pareadas en los frentes de los pilares, capiteles de acanto, etc. Su estado de conservación es bastante preocupante, pues sufrió graves daños durante la guerra civil que afectaron a toda su estructura. La cabecera, de mayor altura que la nave, se asoma por el Este a una honda barrancada. En cada muro se abre una ventana con un esquema muy similar. La del lienzo oeste presenta dos arquivoltas de bocel y guardapolvo de media caña. Ambas arquivoltas descansan sobre columnillas coronadas por capiteles vegetales con hojas rematadas en volutas y bolas. Las ventanas de los costados norte y sur repiten la misma estructura pero con una sola arquivolta. El muro sur se halla dentro de la casa particular que se encuentra aneja a la iglesia. En este paramento vemos las ventanas que en el interior se presentan abocinadas y que al exterior se resuelven con una pequeña moldura en el arco. El vano que ilumina la cabecera desde el mediodía se encuentra muy desfigurado, ya que hubo una construcción que lo ocultó y acabó arruinándolo. En la actualidad se ha desmantelado esta caseta, y la ventana conserva sus arquivoltas y capiteles aunque ha perdido los fustes y las basas. El acceso al interior del templo se realiza por la portada abierta en la fachada occidental, sin duda una de las más exuberantes y mejor trabajadas del románico de la zona. Su estructura y decoración son muy similares a la de la cercana iglesia de San Vicente y a las portadas de la catedral. Consta de arco de medio punto decorado con bocel que descansa sobre dos capiteles con decoración de hojas de acanto. Al arco de ingreso le rodean seis arquivoltas con diferente ornato: flores o estrellas inscritas en círculos, tallos ondulantes, hojas de diferentes tipos, entrelazos, etc. Todas ellas apoyan sobre seis pares de columnas rematadas por capiteles semejantes a los vistos en las jambas, aunque de mejor labra. Los fustes de las columnas no disponen de basa, descansando en un saliente del muro cortado a bisel. La portada cuenta además con dos añadidos posteriores: en primer lugar, la zona del tímpano aparece decorada con una escultura renacentista de Santiago. Por encima de la clave de la arquivolta exterior encontramos un blasón perteneciente al obispo don Fabrique de Portugal que reformó la iglesia en el siglo XVI. Esta fachada se remata con frontón triangular coronado por un pequeño vano de medio punto. Bajo éste se han dispuesto una serie de canecillos decorados con pequeños modillones. El interior de la iglesia ofrece un aspecto preocupante, sin pavimento y con importantes destrozos en los muros. La parte mejor conservada, y la más interesante, es la capilla mayor. Está cubierta con bóveda de crucería cuyos nervios laterales, decorados con triple bocel, descansan sobre columnas acodilladas entre dos pilastras. Cada conjunto está rematado por triple capitel decorado con hojas rematadas en bola. Otros cuatro nervios que refuerzan la bóveda parten de las claves de cada uno de los cuatro arcos que formas la estructura de la cabecera. Todos los nervios mueren en una clave de factura más moderna, posiblemente barroca. Una imposta de media caña y bocel recorre todo el contorno de la capilla mayor, muy fragmentada en algunos tramos. La iluminación de este espacio se consigue a través de tres ventanas, una en cada muro, con un esquema idéntico al que muestran al exterior, es decir arco de medio punto y arquivoltas de bocel que descansan en columnillas sobre las que se disponen capiteles de hojas alargadas rematadas en bolas. En la parte baja de los muros de la cabecera se disponen parejas de arcos de medio punto ciegos cuya función exacta se desconoce. El paso de la cabecera a la nave se resuelve mediante arco triunfal apuntado que descansa sobre dos pares de columnas coronadas por sendos capiteles de hojas rematadas en cogollos. Los cimacios muestran cintas perladas que se entrecruzan encerrando cuatripétalas puntiagudas. La nave central se divide en seis tramos separados por arcos apuntados de piedra de nueva factura con reutilización de algunos sillares antiguos. Se cubre con cubierta de madera a dos aguas recompuesta hace escaso tiempo. Cuenta con coro a sus pies, muy deteriorado, posiblemente levantado durante las reformas del siglo XVI. El mal estado de los dos lienzos laterales responde a las continuas reformas sufridas, unido también a los estragos causados por la guerra civil. A ambos lados de la nave nos encontramos con un verdadero caos de vanos de diferentes épocas, fundamentalmente de dos tipos: unos, alargados y de medio punto, que pudieron ser antiguas ventanas y otros, más anchos, situados por debajo de los anteriores y rompiéndolos, que pudieron servir para altares o enterramientos. Algunos se encuentran reformados al mismo tiempo que se colocó la nueva cubierta y se levantaron los arcos formeros de la nave; otros parcial o totalmente tapiados. Por último, hay que hacer mención de la cripta situada bajo la cabecera, a la que se accede actualmente desde un patio anejo que en su día perteneció al convento de Santa Clara, pero que hoy es propiedad privada. Es de planta rectangular y se cubre con una bóveda de cañón apuntado.