LA IGLESIA DE SANTA CLARA se erige en lo alto del Señorío, justo a los pies del comienzo del tramo de murallas de la fortaleza molinense. Forma parte del convento de la Clarisas, actuando como iglesia conventual. En la documentación con la que contamos, la iglesia del convento de Santa Clara aparece como una parroquia de la Concepción que fue patrocinada por don Pero Gómez, pariente y mayordomo de doña Blanca, señora de Molina en el siglo XIII. Doña Blanca fue la quinta señora de Molina y del valle del Mesa, heredó el señorío en el 1262 por parte de su padre el infante don Alfonso, hijo de Alfonso IX y hermano de Fernando III El Santo. A su muerte dejó el señorío a su hermana María, que, al estar casada con Sancho IV de Castilla, hizo que el territorio de Molina y su señorío pasaran a ser un titulo más de la corona. Doña Blanca de Molina, que según cuentan los antiguos cronistas contaba con virtudes como la valentía y la bondad, levantó iglesias y monasterios por todo el señorío. Prueba de ello es la iglesia de San Francisco de Molina, a orillas del Río Gallo, donde mandó que se la enterrara en su testamento de 1293. Anteriormente había fundado otra con el nombre de Santa María de los Ángeles. Santa Clara fue parroquia desde su fundación, contando con posesiones como el pueblo de Torrecilla y diez beneficios más. Doña Blanca depositaría en ella una reliquia del hueso de la espalda de San Marcos, la cual, según el historiador Sánchez Protocarrero, aunque venerada como del evangelista sería más bien de Marcos Marcelo Eugenio, arzobispo toledano; o, en su defecto, la de San Marcos, primo de Bernabé, que predicó y sufrió martirio en estas tierras. La parroquia sufrió la dejadez y en el transcurrir de los años fue pasando a otras feligresías, como la de San Martín, en 1572, y más tarde a la de San Felipe. Antes de pasar a ser iglesia del convento de las Clarisas, todos sus ornatos se habían llevado ya a la parroquia de San Martín, y la iglesia se utilizó como refugio o escuela. Tres siglos más tarde el obispo seguntino Fray Lorenzo de Figueroa le concede el edificio a don Juan Ruiz de Malo, miembro del consejo del Señorío y contador de don Juan de la Cerda, duque de Medinaceli, que decidió su adhesión a la nueva fundación del convento de Clarisas. Las obras comenzaron en abril de 1537 pero las monjas no llegaron hasta 1589, procedentes del convento conquense de Huete. Durante la Guerra de la Independencia sirvió como cuartel de tropas, cuadra y almacén, y en 1837, con la Desamortización, fue privada de sus rentas. La iglesia de Santa Clara consta de planta de nave única con transepto marcado en altura, presbiterio con tramo recto y ábside en hemiciclo. A los pies de la iglesia, en un sólo tramo, se dispone el coro que la comunica con la clausura del convento; por este motivo no sabemos con certeza si la iglesia sólo tuvo un tramo desde su origen o si se recortó alguno para levantar el convento. Está edificada en sillares de arenisca bien labrada, que permite que veamos diferentes marcas de cantería al exterior; éstas se extienden por todo el muro sur del edificio, estando las más visibles en el centro del ábside, en el brazo sur del transepto, en la portada y en el tramo de los pies, junto a la ventana. Son marcas complejas que no se repiten en las iglesias cercanas. Apoyada sobre un basto basamento de sillares que permite salvar el desnivel de la cuesta en la que se sitúa, se accede a ella mediante una escalinata de tres tramos de escalera en degradación hasta llegar a la portada. Ésta se yergue apoyada en plintos altísimos para salvar la altura de las escaleras que ascienden a la puerta de entrada. Sobre ellos se presentan dos columnas pareadas adosadas al muro que flanquean y que junto con un pequeño tejaroz, compuesto de canes y metopas, dan forma rectangular a todo el acceso. El rectángulo que enmarca la portada presenta decoraciones en todos sus elementos; las columnas pareadas se anillan dos veces en su parte inferior y media y se rematan en capiteles de decoración vegetal con collarino, al igual que la columna más interior del conjunto. Sustentando una línea de fino bocel del tejaroz se encuentran los canes y dos pequeños capiteles con volutas, y todo el conjunto estaría recorrido desde su base por chambrana de puntas de diamante. Esta misma estructura y decoración se repite en la ventana que ilumina desde el brazo sur del transepto, mucho mejor conservada que la anterior, que le serviría de modelo. En los dos tramos rectos del presbiterio, iluminando el ábside, encontramos dos de similar estructura pero que han perdido completamente la decoración de diamante, aunque conservan la imposta de arranque del arco de medio punto con bocel al exterior, al igual que las anteriores. La estructura de cabecera única, con tramo recto muy marcado en el presbiterio y hemiciclo final, se compartimenta al exterior mediante seis haces de tres columnas, la central más ancha que las adosadas, que recorren todo el semicírculo. Los haces de columnas se apoyan en altísimos plintos de basas sencillas y se rematan con capiteles de decoración vegetal en volutas. Dos de estos haces se colocan en los codillos de unión entre presbiterio y hemiciclo, mientras que los tres restantes compartimentan el espacio semicircular y flanquean una ventana aspillera, similar a las ya descritas, que ilumina frontalmente la iglesia desde el Este. Todo el conjunto está cubierto por techumbre a cuatro aguas en el espacio del crucero, a dos en los espacios laterales del transepto y a cinco en la parte de la cabecera. A su vez, es recorrido por un alero que descansa sobre canecillos de modillones, tan característicos en iglesias que tenían próximo el destello el Cister, en este caso el monasterio de Buenafuente del Sistal. El juego de volúmenes y alturas que observamos al exterior nos habla claramente del espacio que tenemos en el interior. La cabecera, que se eleva ligeramente sobre las naves, se divide en dos: el presbiterio, de tramo recto, y el ábside, en hemiciclo. El primero se cubre con bóveda de cañón ligeramente apuntada y separado por un arco apuntado de columnas de diferente grosor, dobladas sobre capiteles vegetales. El ábside se cubre con bóveda de horno. Sólo una ventana en derrame, bajo arco de medio punto y resalte en su moldura, que descansa en columnillas de capiteles foliáceos, sirve de iluminación oriental al templo. El paramento del presbiterio está horadado en sus dos frentes por las dos ventanas ya descritas al exterior y que en el interior se presentan con factura idéntica a la central. A su vez, en el muro de poniente, debajo de la ventana, encontramos un lucillo en arco de medio punto que posiblemente tuviera función funeraria. Las tres ventanas, los capiteles del arco de separación entre tramo recto y semicírculo, junto con el arco triunfal que da paso al transepto, se unen mediante una fina línea moldurada de imposta que recorre la cabecera. Da paso al transepto un arco triunfal de arco de medio punto doblado que descansa sobre dos columnas acodadas con decoración vegetal, asentadas sobre basas de altos plintos. El espacio central se cubre con bóveda de crucería de nervios, sobre ménsulas que asemejan a un modillón. Sus brazos laterales se cubren con bóvedas de cañón apuntadas y enmarcadas por arcos doblados, al igual que el ábside. Todos los arcos del crucero en los que descansan las bóvedas se decoran en sus capiteles con motivos vegetales esquemáticos, crochets o volutas, y están recorridos por la misma línea de imposta moldurada que recorre todo el templo. Dentro del brazo norte del transepto aparecen horadados en el muro dos arcos muy diferentes; uno de ellos, de medio punto y muy alargado, pudo ser el acceso norte, y se sitúa en el eje mismo del acceso meridional, de ahí la teoría de que ninguno ha sido reemplazado sino que ambos estarían descentrados desde el momento de su construcción. El segundo arco es apuntado y doblado, y se apoya en columnas de corto fuste y capiteles de cesta con decoración de bolas; en la actualidad sirve como marco a una talla de época posterior. Los pies del templo se utilizan como coro elevado para las religiosas clarisas que habitan en el monasterio anejo; en la parte inferior se han abierto puertas para el acceso de las religiosas, y, en el centro, una labor de rejería para seguir la misa desde la clausura. Se cubre este espacio con una sencilla bóveda de crucería. En los años setenta del siglo XX se llevó a cabo la consolidación de los sillares del interior, que por la humedad amenazaban la estabilidad de la bóveda central; más tarde se reconstruyó el tejado y se quitaron las edificaciones anexas, como la Casa de la Demandera, la sacristía, un espacio conocido como “El corral llamado de don Elías. Capellán de las clarisas” y la escalinata frontal del siglo XVIII. Cronológicamente fechamos la iglesia en el siglo XIII, cuando fue patrocinada por doña Blanca de Molina; por este motivo y por su arquitectura la consideraremos muy cercana ya a las soluciones góticas, aunque guarda en su planta y su bóvedas los elementos que la retienen en el románico pleno de zonas como el sur de Francia. La impronta cisterciense está marcada, sobre todo, por la ausencia de ornato en todo el edificio. Se conserva, en el brazo sur del crucero, adosada al muro, una pequeña pila de agua bendita circular formada por decoración de gajos en su parte inferior y una austera decoración tallada en el borde de la pila que asemeja a arcos de medio punto doblados. Se localiza dentro de la tradición románica.