LA IGLESIA DE SAN PEDRO se encuentra situada actualmente en el extremo suroeste del casco antiguo de la población. Como ocurrió con la mayoría de los templos de Villalpando, su construcción se integró dentro del dispositivo defensivo de la primera cerca a la que estuvo prácticamente unida, probablemente para aprovechar su antigua torre como baluarte militar. Según Calvo Lozano, esta iglesia fue donada a la catedral de León por sus fundadores, los canónigos Martín Pérez y Pelayo Guijamar. En 1176 formaba parte del dominio de San Isidoro de León y así aparece en la confirmación de los privilegios de dicha colegiata que hizo el papa Alejando III en ese año: in Uilla Alpando... ecclesiam Sancti Petri ibi cum pertinentiis suis. Sin embargo, la fábrica actual es posterior, pues debió levantarse en torno a los primeros años del siglo XIII. Originalmente constaba de una sola nave rematada en una capilla mayor de planta cuadrangular, similar a la de San Nicolás. Hoy sólo queda a la vista el muro del testero, construido de ladrillo y decorado con tres niveles de cinco arcos de medio punto sencillos. En el centro del nivel superior se abrió posteriormente una ventana abocinada que fue cegada al colocarse el retablo mayor. Estas arquerías se extendían también por los muros laterales de la cabecera, si bien las reformas posteriores acabaron por eliminarlas. Actualmente sólo es visible una fila de seis arcos en el costado septentrional, aunque parcialmente tapada. Algunos autores, como Tejedor Micó, han querido ver en este tipo de cabeceras rectas una influencia directa del románico zamorano. Contemporáneos del ábside parecen ser los cuerpos inferiores de la espadaña, construidos a base de un hormigón de cal y canto rodado dispuesto en la parte superior entre hiladas de ladrillo, como en las torres de Santa María la Antigua y San Lorenzo. Es posible que la espadaña de San Pedro fuese también en origen una torre pues este aparejo se extendía de igual manera por el lado sur. Nada extraño si tenemos en cuenta la función defensiva que pudo tener merced a su ubicación junto a la muralla. En los siglos XVI y XVII se produjeron una serie de reformas que alteraron considerablemente su primitiva estructura. Así, en el lado de la epístola se construyó una capilla funeraria, una nave y un pórtico (hoy cegado). La nave principal también experimentó una gran transformación al sustituirse la antigua cubierta de madera por unas bóvedas de lunetos y por la colocación de un coro o tribuna a los pies. Además se añadió el cuerpo superior de la espadaña, la sacristía y se cubrió la capilla mayor con una cúpula.