Descendiendo menos de un kilómetro hacia el sur del pueblo, por un camino bien señalizado, tras cruzar un puente medieval sobre el río Huecha, toparemos con las ruinas de la ermita de San Juan, antigua propiedad de la Orden de los Hospitalarios de San Juan de Jerusalén. Presenta graves desperfectos provocados, en su mayor parte, por el expolio sistemático de los sillares que en su día sustentaron los arcos fajones y configuraban ventanas y puerta. En septiembre de 2006 se realizó una intervención en la ermita por parte del Ayuntamiento de Añón, que supuso la retirada de escombros, entre los que aparecieron fragmentos de sillares con marcas de cantero y una estela funeraria, además del vaciado de unos 50 cm de tierra hasta llegar a los pocos restos del pavimento, confeccionado a base de ladrillos en espiga. En la zona de la puerta la eliminación de esta capa de tierra puso también al descubierto la existencia de dos escalones de entrada en la parte interior. En la exterior aparecieron las basas sobre las que apoyaban las dos columnas que en su día configuraron cada uno de los derrames de la portada. A pesar de estar en estado ruinoso, su planta se conserva completa. Se trata de un templo románico de amplias dimensiones, con una longitud en su interior de 20,3 m y una anchura de 7,7 m. La nave única, de planta rectangular, se cierra con un ábside semicircular correctamente orientado. La bóveda, totalmente destruida en la actualidad, es muy probable que fuera de cañón sobre fajones. También ha perdido las ventanas y, en buena medida, la primitiva puerta de acceso. La fábrica conserva sus muros hasta lo que fue la línea de impostas, aunque su estado es peligroso ya que lo que permanece en pie presenta numerosas grietas de gran tamaño. La escasa consistencia de estos muros, así como la ubicación de la edificación muy próxima al río, ha hecho que la estructura de la ermita quedara muy afectada por el paso del tiempo. Por ello, en algún momento de su historia fue necesario colocar unos grandes contrafuertes laterales que no han evitado la ruina. En el muro de los pies existe una estrecha ventana en cuyos laterales se dispusieron sillas de remarque. Está realizada con mampostería de grandes cantos rodados rejuntados con argamasa, el mismo aparejo empleado en la construcción de la muralla y en buena parte de las casas del lugar. Sus muros tienen una anchura de 1,15 m y para otorgarles solidez se utilizaron sillares bien escuadrados en zonas conflictivas, tales como las esquinas y los arcos fajones que sustentaban la cubierta, algunos de los cuales presenta marcas de cantero. En el ángulo nororiental del templo, junto al contrafuerte más próximo a la cabecera, aparece una marca de cantería en forma de cruz potenzada que coincide con otra encontrada en la iglesia de Santa María de Añón de Moncayo, y que a su vez aparece en el Monasterio de Veruela. Podría tratarse de un sillar reaprovechado o bien de una pieza colocada allí desde el principio. En cualquier caso relaciona directamente Añón de Moncayo y Veruela bajo la labor de un maestro cantero que trabajó en ambos lugares en fechas próximas. La portada casi ha desaparecido debido a la erosión y el expolio. Las jambas de la puerta presentan restos significativos de los fustes de dos antiguas columnas entregas ultrasemicirculares que descansan en sus correspondientes basas. Éstas presentan la zona baja muy degradada, pero en el derrame occidental todavía mantienen los restos de una moldura redondeada a modo de toro, propia de época tardorrománica. A los pies del templo se observan los restos de una espadaña de vano único añadida probablemente en fecha posterior a la construcción del edificio, ya que se encuentra descentrada con respecto su eje longitudinal. Otro de los restos hallados durante la excavación fue una estela funeraria, encontrada en el interior del templo. Con una altura de 35 cm y un diámetro de 30 cm en el disco, procedería de una necrópolis ubicada en el exterior de la ermita. Su anverso está decorado con una cruz en losange con rombo perforado en el centro, tres extremos ancorados y el brazo vertical inferior apoyado en un círculo con una moldura. Este tipo de decoración coincide con otras estelas medievales fechadas hacia el siglo XIII. La cronología de la ermita la podemos situar en la primera mitad del siglo XIII, ligeramente posterior a la parroquia de Santa María. En ella intervendría un cantero anteriormente contratado para ésta, ya que aparece en un sillar una marca coincidente con las de la parroquia, que a su vez también aparece en los repertorios recogidos por Martínez Buenaga en el Monasterio de Veruela. Otra opción manejada es que se reutilizaran éste y otros sillares del primitivo templo románico de Santa María, trasladándolos desde el pueblo hasta su emplazamiento en la ermita. En todo caso los restos cerámicos encontrados en la excavación arqueológica confirman la adscripción tardorrománica del templo y proporcionan un marco cronológico que abarca las décadas finales del siglo XIIlas iniciales del XIII, según Pérez Omeñaca.