DE LA COLEGIATA GÓTICA se conserva fundamentalmente la cabecera poligonal con bóveda de nervios y el breve presbiterio, cerrado con crucería simple y en cuyo muro sur se abre un arco alancetado que da paso a una capilla. El cuerpo de la iglesia, articulado en tres tramos, vio sustituir sus primitivas bóvedas cerrándose anómalamente a menor altura que la capilla con modernas bóvedas de terceletes. Al sur de la nave se dispone el también gótico claustro, con sus tramos -cubiertos por bóvedas de crucería simple- hoy tabicados esperando una necesaria y urgente restauración. Este nuevo edificio surgió de la voluntad de su arcediano don Juan Fernández de Carrión, luego arcediano del Cerrato, quien vería ya las obras iniciadas en 1341, pues en su testamento, amén de dejar una generosa dote para los trabajos, afirma que es la obra “que yo comencé a facer de cal y canto, muy buena, que llegué a la capilla nueva...”. Además de las mal documentadas reformas de las bóvedas de la nave (o bien éstas alteraron el proyecto primitivo), el templo sufrió diversas intervenciones posmedievales, datando así del siglo XVIII la reforma de su pórtico septentrional y de 1836-1861 la torre, que sustituyó a otra anterior. El documento de 18 de diciembre de 1092 que recoge el acuerdo entre el arcediano valpostano Domingo y el maestro Arnaldo sobre los pagos de las obras de la iglesia de Santa María de Valpuesta resulta un jalón fundamental para acercarnos a la realidad constructiva del edificio románico. Aunque podría parecer que, tras la reciente supresión del rango episcopal, era el peor momento para acometer grandes obras, es probable que los esfuerzos regios que ahora se dirigían a la nueva sede burgalesa se vieran compensados con aportaciones de la nobleza local, sin olvidar que Valpuesta, ahora como arcedianato, mantenía intacto su dominio territorial y económico. Nada sabemos del aspecto del templo que entonces se construyó (si es que dicho contrato fue cumplido), a falta de un estudio arqueológico del mismo, conservándose únicamente menguados restos de un claustro o pórtico que se adosaría al sur de la nave, ocupando sin duda el lugar del actual. Tales vestigios románicos, ciertamente reducidos, fueron descubiertos en la cimentación del claustro durante las obras de 1996 y se reducen a una pareja de capiteles vegetales y un fracturado cimacio (hoy conservados en el coro), y una enjuta decorada con un florón, esta última ya de antiguo reubicada en el paramento de la crujía este -sobre una portada gótica-, que seguramente corresponda a la ornamentación de las galerías claustrales o del pórtico. La pareja de capiteles presenta unas dimensiones similares, integrándose en cubos perfectos de 39 cm de lado, pues aunque en uno de ellos los lados del ábaco miden 37 x 37 cm el relieve sobresale los 2 cm restantes en la zona alta de la cesta. Ambos manifiestan una exquisita factura, con cestas troncocónicas que parten de collarinos facetados. Labrados a hacha, en el primero de ellos se dispone en la zona inferior del relieve una corona de hojitas lanceoladas de nervio central y sobre ellas elegantes tallos contrapuestos en abanico de los que brotan acogolladas hojas lobuladas y rizadas, labrándose la superficie libre con un fino reticulado. En el ábaco se dispusieron cuatro florones rehundidos de primorosa talla. La otra cesta se decora con una banda de tallos ondulantes y anillados formando roleos en los que se acomodan hojas acogolladas de notable volumen, y sobre ella hojas lisas rematadas en caulículos con lengüetas; en el ábaco encontramos nuevamente florones y rosetas excavadas. Ambos capiteles aparecen labrados por sus cuatro caras, debiendo así alzarse en las arquerías del claustro o pórtico sobre columnas simples. Junto a estas cestas se conserva también un fragmentado cimacio, tablero de 54 cm de largo por 50 cm de ancho y 16 cm de altura, moldurado con un listel y chaflán decorado con trama reticulada. Hay también vestigios de otro cimacio del mismo tipo. No resulta sencillo, pese a su indudable calidad, adjudicar una cronología a estas piezas. Aunque no alejados de algunos capiteles de la iglesia de Oña -depositados en la Sala Capitular-, la decoración de florones en los ábacos de los capiteles y enjutas de los arcos recuerda a los modelos borgoñones que en territorio burgalés percibimos fundamentalmente en el frontal del refectorio de San Salvador de Oña y en el claustro de San Pedro de Cardeña, por lo que quizá debamos pensar en un entorno alrededor de la cuarta o quinta décadas del siglo XII como plausible fecha de la erección del claustro valpostano. Como en los dos casos citados y el parangonable de Santa María de Estíbaliz en Álava, es probable la procedencia ultramontana de sus artífices.