AUNQUE LA IGLESIA de San Pedro aparece en las fuentes documentales en el siglo XIV, las primeras menciones de clérigos de Enciso datan del XIII: en documento de 1224 de San Prudencio de Monte Laturce, se citan numerosos sacerdotes y diáconos, cuando el abad Pedro les concede los diezmos de pan y vino de ciertas heredades, siendo señor de Enciso Álvaro Díaz de los Cameros, y obispo electo de Calahorra, Juan Pérez. En la concordia realizada entre el obispo de Calahorra Aznar y su cabildo sobre la asignación de parroquias y distribución de la rentas y frutos de las mismas en mayo de 1257, aparece Enciso dentro del arciprestazgo de Val de Arnedo. El 31 de mayo de 1384-1385 se mencionan sus dos iglesias de San Pedro y de Santa María dentro del arciprestazgo de Arnedo, con motivo del repartimiento de la redécima pedida por el rey de los frutos y rentas de las iglesias, siendo obispo de Calahorra Juan: Ençiso dos yglesias Sant Pedro e Sancta Maria tiene fabricas. La iglesia de San Pedro, ubicada en la margen izquierda del Cidacos a la entrada del pueblo viniendo desde Arnedo, contiene una serie de elementos defensivos que hacen pensar que es el resultado de la evolución de una serie de construcciones en un recinto fortificado albarrano a la villa. Su torreón románico de finales del siglo XII, situado al norte del primer tramo de la nave, en mampostería, de planta cuadrada, con dos cuerpos, el inferior con saeteras y el superior almenado con merlones prismáticos, nos recuerda su primitiva función de atalaya, a pesar de que en el siglo XVI fue transformado en torre-campanario, se incorporó su cuerpo bajo como capilla a la iglesia, se abrieron cuatro huecos de medio punto para las campanas en el cuerpo superior y se remató con un chapitel. En la iglesia gótica actual, construida a partir del siglo XV, se yuxtaponen muchos elementos de diferentes épocas, predominando la tardogótica. La capilla sur del primer tramo ocupó parte del espacio de la ermita que allí existía con anterioridad, advocada a San Emeterio y San Celedonio, que quizá sea el primer cuerpo de una construcción militar del siglo XIV. Todas estas estructuras nos llevan a pensar que antes de la construcción de la actual iglesia de San Pedro, en su mismo solar se hallaban en el Medievo diversas construcciones militares y religiosas ubicadas cerca de la puerta oriental de la muralla, llamada del Postigo. En los siglos XV y XVI este conjunto monumental se incorporaría al recinto amurallado de Enciso, que llegaba casi hasta el río, ocupando una de sus esquinas.