YA DURANTE EL SIGLO XVI la iglesia aparece vinculada al colindante palacio de los Isla. Recoge Cadiñanos que Luis Varona Saravia señala que pertenecía a los Isla “la capilla maior de Nuestra S.ª de Torrentero Parroquial y matriz de el mismo lugar de Villalaín que está cerca de la casa y dentro de su solar”. Fue en este siglo XVI cuando la iglesia se amplió con una colateral al norte destinada a capilla de los Isla, abriéndose además un arco en el presbiterio que comunicaba las dos cabeceras, y emplazándose bajo el mismo el magnífico sepulcro que hoy contemplamos. Todas estas reformas mantuvieron con leves modificaciones la cabecera del viejo templo románico, levantada en mampostería y sillarejo y compuesta de ábside con testero plano, en cuyo eje se abría una ventana hoy cegada y al interior oculta por el retablo. Cúbrese este ábside con bóveda de cañón apuntado que partía de imposta de listel y chaflán, hoy en gran parte eliminada. Le da paso desde la transformada nave un arco triunfal ligeramente apuntado y doblado que descarga en sendas columnas entregas. Se alzan éstas sobre basamentos, plintos y basas de perfil ático, coronándose con una pareja de capiteles decorados, el del lado del evangelio con dos parejas de rudos cuadrúpedos afrontados que pretenden ser leoncillos compartiendo cabeza en los ángulos de la cesta, bajo cimacio ornado con triple banda quebrada en zigzag, decoración que se repite en su pendant. El del lado de la epístola muestra dos pisos, el inferior de anchas hojas lisas con una poma la que mira al altar y una carita masculina la otra, bajo hojas del mismo tipo rematadas en caulículos. Al exterior, la cabecera muestra su sobrecubierta remozada, debiendo suponer que al añadir la nave gótica se modificó el remate de sus muros. La ventana románica, estrecha y de vano cegado, muestra arco de medio punto doblado, decorándose las aristas de ambos con un junquillo sogueado. Apea en una pareja de columnas acodilladas de basas áticas sobre plintos, coronadas por capiteles, vegetal de hojas lisas con un fruto y caulículos en las puntas el situado a la derecha del espectador y una ruda sirena de doble cola que alza con ambas manos el otro. Los cimacios decoran su bisel con sucesión de rombos concéntricos. Una imposta de listel y chaflán se dispone bajo el alféizar de esta ventana. Los menguados motivos decorativos de esta iglesia siguen la tónica general del grupo de iglesias de los valles de Manzanedo, Valdivielso y el entorno de Villarcayo; así, el tema de la sirena pez de doble cola lo volvemos a encontrar en Quintanilla-Socigüenza o San Martín del Rojo, los boceles sogueados son recurrentes en Valdivielso, así como las bandas de rombos concéntricos (Condado, Tartalés, Turzo, etc.). Debe ser obra de finales del siglo XII. En el testero y los riñones de la bóveda absidal se conservan, bajo sucesivas capas de enlucido y otras pinturas modernas imitando el llagueado de la sillería, vestigios de pinturas murales, realizadas por Pedro Muñoz, el mismo artista que firma en la iglesia de Villarán. Representan un Calvario en el muro oriental y un Apostolado en los laterales y Aurelio Barrón las data en el entorno del año 1500.